자연환경보전법 시행규칙 
환경부령 제519호 일부개정 2013. 09. 23. 

제1조 (목적) 

이 규칙은 「자연환경보전법」 및 동법 시행령에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조 (생태ㆍ경관보전지역의 표지) 

①유역환경청장 또는 지방환경청장(이하 “지방환경관서의 장”이라 한다)은 생태ㆍ경관보전지역에 안내판 및 표주를 설치하여야 한다.
②제1항의 규정에 따른 안내판 및 표주의 규격ㆍ내용ㆍ설치간격 그 밖의 필요한 사항은 환경부장관이 정한다.
③지방환경관서의 장은 안내판과 표주가 훼손되거나 설치한 위치에서 이탈되지 아니하도록 적정하게 관리하여야 한다.

제3조 (생태ㆍ경관보전지역 지정 등의 고시) 

① 「자연환경보전법」 (이하 “법”이라 한다) 제13조제3항의 규정에 따른 생태ㆍ경관보전지역 지정의 고시에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 생태ㆍ경관보전지역(이하 이 조에서 “지역”이라 한다)의 명칭 및 근거 법령
2. 지역의 위치 및 면적
3. 지정의 사유 및 목적
4. 지역 안의 주요자원의 명칭ㆍ위치ㆍ범위 및 규모
5. 토지이용현황 및 지역 안의 토지의 소유구분에 따른 면적
6. 관리청
7. 지정연월일
8. 지역 지정에 따른 관계 도서의 열람에 관한 사항
9. 「자연환경보전법 시행령」 (이하 “영”이라 한다) 제8조의 규정에 따른 지형도
②법 제13조제3항의 규정에 따른 생태ㆍ경관보전지역 변경(법 제12조제3항의 규정에 따른 해제의 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 고시에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 지역의 명칭 및 근거법령
2. 변경되는 지역의 위치 및 면적
3. 변경의 사유 및 목적
4. 변경에 따라 제1항제4호 내지 제6호 및 제9호의 사항 중 변동되는 사항
5. 변경연월일
6. 변경에 따른 관계 도서의 열람에 관한 사항

제4조 (생태ㆍ경관보전지역에서의 행위허가 신청 및 기준) 

①법 제15조제2항제4호의 규정에 따라 허가를 받고자 하는 자는 별지 제1호서식의 신청서에 다음 각 호의 사항이 포함된 서류를 첨부하여 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다.
1. 행위의 목적 또는 이유
2. 행위의 내용ㆍ기간 및 규모
3. 행위대상지역의 토지이용계획
4. 당해 행위가 자연환경에 미치는 영향예측 및 방지대책
5. 행위대상지역의 범위 및 면적을 표시한 축척 2만5천분의 1 이상의 지형도
6. 행위대상지역의 지목ㆍ지번 등이 표시된 축척 5천분의 1 이상의 임야도(지목이 임야인 경우에 한한다)
②지방환경관서의 장은 제1항의 규정에 따른 행위허가의 신청을 받은 때에는 제1항제4호의 서류를 검토하여 당해 행위가 자연환경에 미치는 영향이 생태ㆍ경관보전지역의 지정 목적을 해할 정도에 이르지 아니하고, 적절한 방지대책이 수립되어 있다고 인정하는 경우에는 허가를 한다.

제5조 (완충구역에서 허용되는 주거용 건축물등의 범위) 

영 제14조제1항 각 호 외의 부분에서 “환경부령이 정하는 규모 이하”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 신축시에는 지상층의 건축연면적이 130제곱미터 이하이고 높이가 2층 이하이며 지하층의 건축연면적이 130제곱미터 이하인 경우
2. 증ㆍ개축시에는 기존 건축연면적의 2배 이하이고 높이가 2층 이하인 경우. 다만, 기존 건축물의 연면적이 50제곱미터 미만인 때에는 증ㆍ개축의 연면적이 130제곱미터 이하이고, 기존 건축물의 층수가 3층 이상인 때에는 증ㆍ개축의 층수가 동일 층수 이하인 경우를 말한다.

제6조 (전이구역에서 허용되는 주거용 건축물등의 규모) 

①영 제15조제1항제1호에서 “환경부령이 정하는 규모 이하”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 신축시에는 건축연면적이 200제곱미터 이하이고 높이가 2층 이하인 경우
2. 증ㆍ개축시에는 건축연면적이 기존 건축연면적의 2.5배 이하이고 건축물의 층수가 2층 이하인 경우. 다만, 기존 건축물의 연면적의 2.5배가 200제곱미터 미만인 때에는 증ㆍ개축의 연면적이 200제곱미터 이하이고, 기존 건축물의 층수가 3층 이상인 때에는 증ㆍ개축의 층수가 동일 층수 이하인 경우를 말한다.
②영 제15조제1항제2호에서 “환경부령이 정하는 규모 이하”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 신축시에는 건축연면적이 330제곱미터 이하이고 높이가 3층 이하인 경우
2. 증ㆍ개축시에는 건축연면적이 기존 건축연면적의 2.5배 이하이고 건축물의 층수가 3층 이하인 경우. 다만, 기존 건축물의 연면적의 2.5배가 330제곱미터 미만인 때에는 증ㆍ개축의 연면적이 330제곱미터 이하이고 기존 건축물의 층수가 3층 이상인 때에는 증ㆍ개축의 층수가 동일 층수 이하인 경우를 말한다.
③영 제15조제2항에서 “환경부령이 정하는 규모 이하”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 신축시에는 건축연면적이 330제곱미터 이하이고 층수가 3층 이하인 경우
2. 증ㆍ개축시에는 증ㆍ개축의 연면적이 기존 건축연면적의 2.5배 이하이고 층수가 3층 이하인 경우. 다만, 기존 건축물의 연면적의 2.5배가 330제곱미터 미만인 때에는 증ㆍ개축의 연면적이 330제곱미터 이하이고, 기존 건축물의 높이가 3층 이상인 때에는 증ㆍ개축의 층수가 동일 층수 이하인 경우를 말한다.

제7조 (소지금지 인화물질) 

법 제16조제2호에서 “환경부령이 정하는 인화물질”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 휘발유ㆍ등유 등 인화점이 섭씨 70도 미만인 액체
2. 자연발화성 물질
3. 기체 연료

제7조의2 (출입제한의 고시) 

법 제16조의2제3항에서 "환경부령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 출입의 제한 또는 금지 사유
2. 위반 시 벌칙의 내용
[본조신설 2013.9.23]

제8조 (주민지원사업의 지원신청서 등) 

영 제19조제4항의 규정에 따른 지원신청서는 별지 제2호서식에 따르고, 동 지원신청서에는 「하수도법 시행규칙」 제30조제2항에 따른 준공검사조사서의 사본을 첨부하여야 한다. [개정 2007.10.1 제249호(하수도법 시행규칙)]

제9조 (시ㆍ도 생태ㆍ경관보전지역 지정 등의 협의) 

특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)가 법 제24조제1항의 규정에 따라 지방환경관서의 장 또는 관계 행정기관의 장과 시ㆍ도 생태ㆍ경관보전지역의 지정 또는 변경에 관한 협의를 하고자 하는 때에는 미리 지정계획서에 지역주민의 의견 및 조치계획에 관한 사항을 포함시켜야 한다.

제10조 (자연경관에 관한 검토기준) 

①법 제28조제3항의 규정에 따른 자연경관에 관한 검토기준은 다음 각 호와 같다.
1. 개발계획 및 개발사업(이하 “개발사업등”이라 한다)의 시행으로 인한 자연경관의 직접적인 훼손 여부
2. 주변 자연경관과 개발사업등의 위치ㆍ형태ㆍ색채ㆍ높이 및 규모 등의 조화 여부
3. 주요 조망점에서의 사업전후 경관변화 가능성의 정도
②제1항 각 호의 검토기준에 따른 세부사항은 환경부장관이 정한다.

제11조 (자연환경조사계획 및 정밀조사계획에 포함할 사항) 

①영 제23조제4항의 규정에 따른 자연환경조사계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 조사기간 및 대상지역
2. 조사내용 및 방법
3. 조사인원 및 예산
4. 관계 행정기관의 협조사항
②제1항의 규정은 법 제31조제1항의 규정에 따른 정밀조사계획에 대하여 이를 준용한다.

제12조 (생태계의 변화관찰) 

①법 제31조제3항의 규정에 따른 생태계의 변화 관찰은 다음 각 호의 지역을 대상으로 한다. [개정 2012.7.27 제469호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행규칙)]
1. 생물다양성이 풍부한 지역
2. 멸종위기 야생생물의 서식지ㆍ도래지
3. 그 밖에 자연환경의 보전가치가 높은 지역
②환경부장관은 법 제31조제3항의 규정에 따른 생태계의 변화 관찰을 위하여 다음 각 호의 사항을 포함하는 생태계변화관찰지침을 작성하여야 한다.
1. 대상지역의 선정
2. 관찰요원의 배치
3. 관찰시기 및 주기
4. 관찰내용 및 방법
5. 관찰결과의 기록
③시ㆍ도지사는 법 제31조제4항의 규정에 따라 생태계의 변화관찰을 실시하는 경우에는 제2항의 규정에 따른 생태계변화관찰지침을 고려하여야 하며, 생태계의 변화 관찰 결과를 환경부장관에게 제출하여야 한다.
④환경부장관은 법 제31조제3항 및 제4항의 규정에 따른 생태계의 변화관찰 결과를 연도별로 비교ㆍ분석하고 필요한 조치를 강구하여야 한다.

제13조 (자연환경조사원) 

①환경부장관은 법 제32조제1항의 규정에 따라 관계 공무원 또는 지역전문가나 지형ㆍ지질학, 생물분류학, 생태학, 토양학 등 자연환경조사 관련분야의 지식과 경험이 풍부한 자 중에서 자연환경조사원(이하 “조사원”이라 한다)을 임명 또는 위촉한다.
②환경부장관은 예산의 범위 안에서 조사원에게 그 조사수행에 필요한 수당ㆍ여비 그 밖의 필요한 실비를 지급하여야 한다. 다만, 공무원이 그 소관업무와 직접적으로 관련하여 조사를 수행하는 경우에는 수당을 지급하지 아니한다.

제14조 (자연환경조사원증) 

환경부장관은 제13조제1항의 규정에 따라 조사원을 임명 또는 위촉한 때에는 별지 제3호서식의 자연환경조사원증을 발급하여야 한다.

제15조 (타인토지에의 출입을 위한 권한의 증표) 

법 제33조제5항의 규정에 따른 권한을 표시하는 증표는 별지 제4호서식에 따른다.

제16조 (생태ㆍ자연도의 세부등급) 

법 제34조제2항의 규정에 따른 세부등급은 다음 각 호와 같다.
1. 법 제34조제1항제2호의 규정에 따른 생태ㆍ자연도 2등급 권역의 경우
가. 완충보전지역 : 법 제34조제1항제1호 각 목에 준하는 지역으로 장차 보전의 가치가 있는 지역 또는 1등급 권역의 외부지역으로서 1등급 권역 보호를 위하여 필요한 지역
나. 완충관리지역 : 2등급 권역 중 가목의 지역을 제외한 지역
2. 법 제34조제1항제3호의 규정에 따른 생태ㆍ자연도 3등급 권역의 경우
가. 개발관리지역 : 개발 또는 이용의 대상이 되는 지역이나 부분적으로 관리가 필요한 지역
나. 개발허용지역 : 3등급 권역 중 가목의 지역을 제외한 지역 

제16조의2 (도시생태현황지도의 작성방법) 

① 시·도지사는 법 제34조제6항 후단에 따라 관할 도시지역의 상세한 생태·자연도(이하 "도시생태현황지도"라 한다)를 다음 각 호의 방법으로 작성한다.
1. 토지이용 현황, 토지피복(土地被覆) 현황, 지형, 식생 현황, 동식물상(動植物相) 및 그 밖에 해당 지역의 특성에 따른 주제도 등으로 구분하여 작성
2. 축척 5천분의 1 이상 지도에 작성
② 제1항에서 규정한 사항 외에 도시생태현황지도의 작성방법은 환경부장관이 정하여 고시한다.
[본조신설 2013.9.23]

제17조 

삭제 [2013.9.23]


제18조 

삭제 [2013.9.23]

제19조 

삭제 [2013.9.23]

제20조 

삭제 [2013.9.23]

제21조 

삭제 [2013.9.23]

제22조 (생물다양성 구성요소의 조사대행자의 범위 등) 

①영 제31조제3항의 규정에 따라 국ㆍ공립연구기관, 법 제55조의 규정에 따른 한국자연환경보전협회, 「고등교육법」 에 따른 대학 또는 그 부설기관 소속의 전문가 그 밖의 조사업무를 수행할 능력이 있다고 환경부장관이 인정하는 사람은 법 제36조제2항의 규정에 따른 생물다양성 구성요소의 조사를 대행할 수 있다.
②영 제31조제4항에서 “환경부령이 정하는 사항”이라 함은 제11조제1항 각 호의 사항을 말한다.

제23조 (생물다양성관리계약의 청약서) 

영 제32조제2항의 규정에 따른 생물다양성관리계약 청약서는 별지 제5호서식에 따른다.

제24조 (자연환경보전ㆍ이용시설의 설치계획) 

법 제38조제2항의 규정에 따른 자연환경보전ㆍ이용시설(이하 이 조 및 제25조에서 “시설”이라 한다)의 설치에 관한 계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 사업내용
2. 시설의 배치ㆍ구조 및 형태에 관한 도면
3. 시설설치가 주변 환경에 미치는 영향 및 관리대책
4. 시설의 운영ㆍ관리계획

제25조 (시설의 이용료) 

①법 제38조제3항 및 제4항의 규정에 따른 시설 이용료의 금액은 당해 시설의 설치에 소요되는 비용과 그 유지ㆍ관리비용을 고려하여 당해 시설을 설치한 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 정하여 고시한다. 
②법 제38조제4항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여는 제1항의 이용료를 징수하지 아니한다.
1. 6세 이하 또는 65세 이상인 자
2. 「장애인복지법」 에 따른 장애인
3. 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률 시행령」 제86조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자
4. 공무수행을 위하여 당해시설을 이용하는 자
5. 그 밖에 당해 시설을 설치한 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 제1호 내지 제4호에 준하여 당해 시설의 이용을 인정하는 자
③관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장은 제1항의 규정에 따른 이용료를 징수하고자 하는 경우에는 시설의 입구 등에 이용료에 관한 안내판을 설치하여야 한다. 

제26조 (생태마을의 지정기준) 

①법 제42조제1항의 규정에 따른 생태마을은 자연생태 우수마을과 자연생태복원 우수마을로 구분하여 지정하되, 종류별 지정기준은 별표 1과 같다.
②생태마을의 지정ㆍ관리 및 지원 등에 관하여 필요한 사항은 환경부장관이 정한다.

제27조 (생태마을의 지정ㆍ해제 절차 등) 

①시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)은 법 제42조의 규정에 따라 관할 지역 내의 마을을 생태마을(이하 “국가지정생태마을”이라 한다)로 지정 받기 위하여 신청하고자 하는 때에는 생태마을지정신청서(이하 “신청서”라 한다)를 환경부장관에게 제출하여야 한다.
②환경부장관은 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 신청서를 제출받은 때에는 국가지정생태마을심사위원회의 심사를 거쳐 지정여부를 결정하되, 필요한 경우 미리 현장조사를 실시할 수 있다.
③환경부장관은 국가지정생태마을로 지정된 후에 도시개발 등으로 인하여 지정 당시의 생태적 기능과 수려한 자연경관 등이 크게 훼손된 경우 국가지정생태마을심사위원회의 심사를 거쳐 국가지정생태마을의 지정을 해제할 수 있다.
④제2항 또는 제3항의 규정에 따른 생태마을의 지정ㆍ해제 심사를 위하여 환경부장관 소속 아래 국가지정생태마을심사위원회를 두며, 국가지정생태마을심사위원회는 환경ㆍ생태ㆍ문화 분야 전문가 등 10인 이내의 위원으로 구성한다.
⑤제1항 내지 제4항의 규정은 지방자치단체의 장이 법 제42조의 규정에 따라 생태마을(이하 “시ㆍ도지정생태마을”이라 한다)을 지정 또는 해제하는 경우에 준용한다. 이 경우 “환경부장관”은 “시ㆍ도지사”로, “국가지정생태마을”은 “시ㆍ도지정생태마을”로, “국가지정생태마을심사위원회”는 “시ㆍ도지정생태마을심사위원회”로 본다.


제28조 (생태통로의 설치대상지역 및 설치기준) 

① 법 제45조제1항에 따른 생태통로 설치대상지역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 한다. [개정 2012.7.27 제469호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행규칙), 2013.9.23]
1. 「백두대간보호에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 백두대간보호지역
2. 비무장지대
3. 법 제12조의 규정에 따른 생태·경관보전지역 중 핵심구역 또는 완충구역, 법 제24조의 규정에 따른 시·도생태·경관보전지역
4. 법 제34조의 규정에 따른 생태자연도 1등급 권역
5. 「자연공원법」 제2조제1호의 규정에 따른 자연공원
6. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제27조제1항에 따른 야생생물 특별보호구역 및 같은 법 제33조제1항에 따른 야생생물 보호구역
7. 야생동물이 차량에 치어 죽는 사고가 자주 발생하는 지역 등 생태통로의 설치가 필요하다고 인정되어 환경부장관이 고시하는 지역
②법 제45조제1항에 따른 생태통로의 설치기준은 별표 2와 같다. [개정 2013.9.23]

제28조의2 (생태통로 조사의 주기 및 방법 등) 

① 법 제45조의2제1항에 따른 생태통로 조사의 주기 및 방법은 다음 각 호와 같다. 
1. 생태통로 조성 후 3년 동안: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 방법으로 조사
가. 현장 직접조사: 계절별 1회 이상 현장을 직접 방문하여 조사
나. 무인센서카메라, 폐쇄회로텔레비전(CCTV) 등 감시장비(이하 "감시장비"라 한다)를 이용한 조사: 계절별 1개월 이상 감시장비를 작동시켜 조사
2. 제1호에 따른 기간 이후: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 방법으로 조사
가. 현장 직접조사: 연 1회 이상 현장을 직접 방문하여 조사
나. 감시장비를 이용한 조사: 연 1개월 이상 감시장비를 작동시켜 조사
② 법 제45조의2제1항에 따른 생태통로의 조사 내용은 다음 각 호와 같다.
1. 생태통로 주변 지역에서 서식하는 야생동식물 현황
2. 생태통로를 이용하는 야생동물의 종 및 종별 이용 빈도
3. 생태통로 주변 도로에서의 야생동물 사고 현황
4. 생태통로 주변 지역의 탐방객 출입 현황 및 밀렵도구 등 설치 현황
5. 생태통로 유도울타리 등 생태통로 부대시설의 관리 현황
6. 그 밖에 환경부장관이 필요하다고 인정하여 고시하는 사항
③ 법 제45조의2제3항 전단에서 "환경부령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 기준을 말한다.
1. 생태통로 및 그 부대시설이 야생동물의 생태적 특성을 고려하여 적절하게 설치·유지·관리되고 있는지 여부
2. 야생동물의 생태통로 이용 빈도 및 생태통로 주변 도로에서의 야생동물 사고 증감 추이 등 생태통로가 주변 생태에 미치는 영향 정도
3. 생태통로 주변 지역의 탐방객 출입행위 및 밀렵도구 등 설치행위가 적절하게 통제되고 있는지 여부
[본조신설 2013.9.23]

제29조 (생태계보전협력금의 부과통지) 

영 제38조제3항의 규정에 따른 생태계보전협력금의 부과통지는 「국고금관리법 시행규칙」 별지 제5호서식에 따른다.

제30조 (생태계보전협력금의 분할납부) 

①영 제38조제4항에 따른 부과금액별 분할납부 횟수는 다음 각 호와 같다. 다만, 국가·지방자치단체 및 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항에 따른 공공기관의 분할납부의 횟수는 2회 이하로 한다.
1. 2억원 이하: 2회 이하
2. 2억원 초과: 3회 이하
②영 제38조제4항에 따라 생태계보전협력금을 분할하여 납부하려는 자는 별지 제6호서식의 생태계보전협력금 분할납부신청서에 분할납부사유를 증명하는 서류를 첨부하여 시·도지사에게 제출하여야 한다.
③제1항에 따른 분할납부의 신청을 받은 시·도지사는 분할납부의 사유 등을 검토하여 신청을 받은 날부터 10일 이내에 그 처리결과를 별지 제6호의2서식에 따라 신청인에게 알려야 한다.
④ 시·도지사는 제3항에 따라 분할납부의 통지를 받은 자가 민원 등 부득이한 사유로 분할납부금의 1차 납부기한까지 인·허가 받은 사업에 따른 공사를 시작할 수 없는 경우에는 공사를 시작하는 때에 1차 분할납부금액을 내게 할 수 있다. 다만, 국가·지방자치단체 및 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항에 따른 공공기관의 경우에는 그러하지 아니하다. [신설 2009.6.30 제336호(한시적 행정규제 유예 등을 위한 건설폐기물의 재활용 촉진에 관한 법률 시행규칙등)] [[시행일 2009.7.1]]
[전문개정 2007.11.16] [[시행일 2007.11.18]]

제31조 (생태계보전협력금 부과·징수 결과의 기록·관리) 

시·도지사는 생태계보전협력금의 부과·징수 결과를 별지 제7호서식에 따라 기록·관리하여야 한다.

제32조 (생태계보전협력금의 재부과 및 환급통지) 

영 제40조제2항 또는 영 제42조제3항의 규정에 따른 생태계보전협력금의 재부과ㆍ정산부과 또는 환급의 통지는 별지 제8호서식에 따른다.



제33조 (생태계보전협력금의 재산정 신청) 

영 제41조제1항의 규정에 따른 생태계보전협력금의 재산정 신청은 별지 제9호서식에 따른다.

제34조 (생태계보전협력금의 환급신청) 

영 제42조제2항의 규정에 따라 생태계보전협력금을 환급받고자 하는 자는 별지 제10호서식의 생태계보전협력금환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 
1. 토지의 용도별 훼손면적의 산정에 필요한 증빙서류
2. 해당 구역 및 단지의 훼손면적이 변경되었음을 확인할 수 있는 서류

제34조의2 (교부금의 사용 현황 보고) 

시·도지사는 법 제46조제5항에 따라 교부받은 금액의 사용 현황을 매년 3월 31일까지 별지 제10호의2서식에 따라 환경부장관에게 보고하여야 한다.
[본조신설 2013.9.23]

제35조 (사업의 인ㆍ허가등의 통보) 

① 생태계보전협력금의 부과대상이 되는 사업의 인·허가등을 한 행정기관의 장은 법 제47조제1항 및 영 제52조제1항제3호에 따라 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 20일 이내에 인·허가등의 내용을 시·도지사에게 통보하여야 한다. [개정 2007.9.27 제422호( 「광업법시행규칙」), 2007.11.16, 2008.12.31 제316호(「환경영향평가법 시행규칙」), 2012.7.20 제467호(환경영향평가법 시행규칙), 2013.9.23]
1. 「환경영향평가법」 제9조에 따른 전략환경영향평가 대상계획에 포함된 사업: 같은 법 제18조, 제20조 및 제21조에 따라 협의내용을 통보받은 후 계획을 수립·확정한 날 
2. 「환경영향평가법」 제22조 및 제42조에 따른 환경영향평가 대상사업: 같은 법 제29조, 제32조 및 제33조에 따라 협의내용을 통보받은 후 인·허가등의 처분을 한 날
3. 광업법 제3조제2호에 따른 광업 중 노천탐광·채굴사업: 같은 법 제42조에 따른 채광계획인가 또는 같은 법 제43조 각 호에 따른 허가등을 한 날
4. 「환경영향평가법」 제43조에 따른 소규모 환경영향평가 대상 개발사업: 같은 법 제45조에 따라 협의내용을 통보받은 후 인·허가 등의 처분을 한 날
②제1항의 규정에 따른 통보는 별지 제11호서식에 따른다.

제36조 (생태계보전협력금의 반환) 

①영 제46조제2항에 따라 승인을 신청하려는 사업자(제2항에 따라 승인을 신청하려는 자연환경보전사업 대행자를 제외한다)는 별지 제12호서식의 생태계보전협력금반환사업승인신청서에 다음 각 호의 사항이 포함된 사업계획서를 첨부하여 환경부장관에게 제출하여야 한다. [개정 2007.11.16] [[시행일 2007.11.18]]
1. 사업목적
2. 사업내용
3. 사업추진에 따른 기대효과
4. 사업추진으로 인한 생태계 훼손 가능성 및 저감방안
5. 사업추진 일정
6. 소요 사업비
②영 제46조제2항에 따라 승인을 신청하려는 자연환경보전사업 대행자는 별지 제12호서식의 생태계보전협력금반환사업 승인신청서에 제1항에 따른 사업계획서와 다음 각 호의 서류를 첨부하여 환경부장관에게 제출하여야 한다. [신설 2007.11.16] [[시행일 2007.11.18]]
1. 별지 제12호의2서식의 생태계보전협력금 반환사업 대행 동의서
2. 자연환경보전사업 대행자의 자격을 증명하는 서류
③환경부장관은 영 제46조제4항에 따라 생태계보전협력금을 돌려줄 수 있는 사업으로 승인한 경우에는 별지 제13호서식의 생태계보전협력금반환사업승인서를 신청인에게 교부하고, 그 내용을 해당 사업지를 관할하는 시·도지사 및 지방환경관서의 장에게 통보하여야 한다. [개정 2007.11.16, 2013.9.23]
④영 제46조제6항에 따른 생태계보전협력금 반환신청을 하려는 사업자 또는 자연환경보전사업 대행자는 별지 제14호서식의 생태계보전협력금반환신청서에 다음 각 호의 사항이 포함된 자료를 첨부하여 환경부장관에게 제출하여야 한다. [개정 2007.11.16] [[시행일 2007.11.18]]
1. 제3항에 따른 생태계보전협력금반환사업승인서 사본
2. 투자금액 및 이를 증빙할 수 있는 서류
3. 사업준공에 관한 증빙서류 및 사진
4. 사업의 추진으로 인한 생태계 보전효과
⑤영 제46조제7항에 따른 생태계보전협력금의 반환통지는 별지 제8호서식에 따른다. [개정 2007.11.16] [[시행일 2007.11.18]]

제37조 (손실보상청구서) 

영 제48조제1항의 규정에 따른 손실보상청구서는 별지 제15호서식에 따른다.

제38조 (재결신청서) 

영 제49조의 규정에 따른 재결신청서는 별지 제16호서식에 따른다.

제39조 (한국자연환경보전협회의 조직) 

①법 제55조의 규정에 따른 한국자연환경보전협회(이하 “협회”라 한다)에는 사무국과 전문위원회를 둔다.
②협회는 필요한 지역에 지부를 둘 수 있다.

제40조 (사업계획 등) 

①협회는 매년 사업계획서 및 수지예산서를 작성하여 당해 회계연도 개시 전까지 환경부장관에게 제출하여 승인을 얻어야 한다. 이를 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.
②협회는 사업실적보고서와 결산보고서에 대차대조표를 첨부하여 당해 회계연도 종료 후 2월 이내에 환경부장관에게 제출하여야 한다.

제41조 (자연환경보전명예지도원증) 

법 제58조제2항의 규정에 따른 자연환경보전명예지도원의 증명서는 별지 제17호서식에 따른다.

제41조의2 (자연환경해설사 교육과정) 

① 법 제59조제1항에 따라 자연환경해설사가 되려는 자는 제2항에 따른 교육과정 중 기본양성과정 또는 간이양성과정을 이수하여야 한다.
② 법 제59조제1항에 따른 교육과정은 별표 2의2와 같다.
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 자연환경해설사 교육과정의 세부적인 사항은 환경부장관이 정하여 고시한다.
[본조신설 2012.1.31]

제41조의3 (양성기관의 지정기준 등) 

① 법 제59조의2제2항에 따른 양성기관의 지정기준은 별표 2의3과 같다.
② 제1항에 따른 양성기관으로 지정받으려는 자는 별지 제18호서식의 자연환경해설사 양성기관 지정신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 환경부장관에게 제출하여야 한다.
1. 양성기관 운영계획서
2. 교육과정 세부과목 편성현황 및 교수요원 확보현황(확보예정인 경우에는 확보계획서)
3. 강의실, 실습시설 등 시설현황(확보예정인 경우에는 시설계획서)
③ 환경부장관은 제2항에 따른 신청 내용을 검토한 결과 보완이 필요한 경우에는 20일 이내의 기간을 정하여 신청인에게 보완을 요구할 수 있다.
④ 환경부장관은 제2항에 따른 지정신청이 제1항에 따른 지정기준에 맞는 경우에는 양성기관으로 지정하고 별지 제19호서식에 따른 자연환경해설사 양성기관 지정서를 발급하여야 한다.
⑤ 양성기관은 별표 2의2에 따른 교육과정을 연 1회 이상 운영하고, 교육생들이 교육과정을 충실히 이행하였는지 평가하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 양성기관의 지정기준, 지정절차 및 운영에 관한 세부사항은 환경부장관이 정하여 고시한다.
[본조신설 2012.1.31]


제42조 (위임사항의 보고) 

①영 제53조의 규정에 따라 시ㆍ도지사 또는 지방환경관서의 장이 환경부장관에게 보고하여야 할 사항은 별표 3과 같다. [개정 2013.9.23]
② 별표 3 제4호에 따른 생태계보전협력금의 부과·징수 실적 및 체납처분 현황에 관한 보고는 각각 별지 제20호서식및 별지 제21호서식에 따른다. [신설 2013.9.23]

제43조 

삭제 [2012.1.31]

부칙 [98·4·1]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제41조 내지 제47조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [개정 99·3·26]

부칙 [99·3·26]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2001.10.13]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.3.9 해양수산부령 제220호]
제1조 (시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략

부칙 [2005.2.7 환경부령 제171호(야생동·식물보호법 시행규칙)]
①(시행일) 이 규칙은 2005년 2월 10일부터 시행한다.
②생략
③(다른 법령의 개정) 자연환경보전법시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다. 
제2조 내지 제12조, 제33조 및 제37조를 각각 삭제한다.
별표 1을 삭제한다.
별표 2중 제1호란 내지 제3호란, 제5호란 및 제6호란을 각각 삭제한다.
별지 제1호서식 내지 별지 제15호서식, 별지 제20호서식, 별지 제21호서식, 별지 제28호서식 및 별지 제29호서식을 각각 삭제한다.
④생략

부칙 [2005.12.30 제191호]
①(시행일) 이 규칙은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(서식개정에 따른 경과조치) 이 규칙 시행 당시 종전의 규정에 따라 사용하여 온 서식은 2006년 3월 31일까지 이 규칙에 따른 서식과 함께 사용할 수 있다.
③(다른 법령과의 관계) 이 규칙 시행 당시 다른 법령에서「자연환경보전법 시행규칙」의 규정을 인용한 경우에는 이 규칙 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 규칙의 해당 조항을 인용한 것으로 본다. 

부칙 [2006.6.30 제206호]
이 규칙은 2006년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2007.9.27 제422호(광업법 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 내지 ③ 생략
④자연환경보전법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제1항제2호 중 “제4조의 규정”을 “제3조제2호”로, “동법 제47조의 규정에 따른”을 “같은 법 제42조에 따라”로 한다.
⑤생략 
제3조 생략

부칙 [2007.10.1 제249호(하수도법 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조(다른 법령의 개정) ① 내지 ④ 생략
⑤자연환경보전법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조 중 “「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 시행규칙」 제23조제2항의 규정에 따른 준공검사조서”를 “「하수도법 시행규칙」 제30조제2항에 따른 준공검사조사서”로 한다.
⑥ 내지 ⑧ 생략
제7조 생략

부칙 [2007.11.16 제259호]
제1조(시행일) 이 규칙은 2007년 11월 18일부터 시행한다.
제2조(생태계보전협력금의 분할납부에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 이 규칙 시행 후최초로 생태계보전협력금을 부과하는 사업분부터 적용한다.
부칙(주민등록번호의 사용개선을 위한 국립환경과학원 시험의뢰 규칙 등 일부개정령) [2008.2.26 제278호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.12.31 제316호(환경영향평가법 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 2009년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 자연환경보전법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「환경영향평가법」 제4조에 따른 환경영향평가 대상사업: 같은 법 제18조, 제21조 및 제22조에 따라 협의내용을 통보받은 후 인ㆍ허가등의 처분을 한 때
② 생략
제6조 생략

부 칙[2009.6.30 제336호(한시적 행정규제 유예 등을 위한 건설폐기물의 재활용 촉진에 관한 법률 시행규칙 등)]
제1조(시행일) 이 규칙은 2009년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(「환경분야 시험ㆍ검사 등에 관한 법률 시행규칙」 개정에 따른 적용례) 제25조제2항의 개정규정은 이 규칙 시행 당시 제25조제2항제1호에 해당된 후 1년이 경과하지 아니한 자에 대하여도 적용한다.

부 칙[2012.1.31 제447호]
이 규칙은 2012년 1월 31일부터 시행한다.

부 칙[2012.7.4 제463호(법령서식 개선을 위한 금강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 시행규칙 등)]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.7.20 제467호(환경영향평가법 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 2012년 7월 22일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 자연환경보전법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제1항제1호 중 “「환경영향평가법」 제4조”를 “「환경영향평가법」 제22조”로 하고, “같은 법 제18조, 제21조 및 제22조”를 “같은 법 제29조, 제32조 및 제33조”로, 같은 항 제3호 중 “「환경정책기본법」 제25조의2”를 “「환경영향평가법」 제43조”로, “사전환경성검토”를 “소규모 환경영향평가”로 하며, “같은 법 제25조의6과 제26조의2”를 “같은 법 제45조”로 한다.
③ 생략

부 칙[2012.7.27 제469호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 2012년 7월 29일부터 시행한다. 
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 자연환경보전법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제2호 중 “멸종위기야생동·식물”을 “멸종위기 야생생물”로 하고, 제28조제1항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제27조제1항에 따른 야생생물 특별보호구역 및 같은 법 제33조제1항에 따른 야생생물 보호구역

부 칙[2013.9.23 제519호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

별표1 생태마을의지정기준[제26조제1항관련] 
별표2 생태통로의설치기준[제28조제2항관련] 
별표2의2 자연환경해설사 교육과정(제41조의2제1항 관련) 
별표2의3 자연환경해설사 양성기관의 지정기준(제41조의3제1항 관련) 
별표3 위임업무보고사항[제42조관련] 
서식1 생태ㆍ경관보전지역에서의 행위허가 신청서 
서식2 (오수정화시설, 정화조) 설치지원신청서 
서식3 자연환경조사원증 
서식4 토지출입증 
서식5 생물다양성관리계약청약서 
서식6 생태계보전협력금 분할납부 신청서 
서식6의2 생태계보전협력금 분할납부 신청에 대한 처리결과 통지 
서식7 생태계보전협력금부과·징수관리대장 
서식8 생태계보전협력금[□재부과□정산부과□환급□반환]통지 
서식9 생태계보전협력금 재산정 신청서 
서식10 생태계보전협력금 환급 신청서 
서식10의2 생태계보전협력금 교부금 사용 현황 
서식11 생태계보전협력금부과대상사업인허가등의통보 
서식12 생태계보전협력금 반환사업 승인신청서 
서식12의2 생태계보전협력금 반환사업 대행동의서 
서식13 생태계보전협력금 반환사업 승인서 
서식14 생태계보전협력금 반환신청서 
서식15 손실보상청구서 
서식16 재결신청서 
서식17 자연환경보전명예지도원증 
서식18 자연환경해설사 양성기관 지정신청서 
서식19 자연환경해설사 양성기관 지정서 
서식20 생태계보전협력금의 부과·징수 실적 
서식21 생태계보전협력금의 체납처분 현황