자연환경보전법 시행령 

대통령령 제24762호 일부개정 2013. 09. 23. 

제1조 (목적) 

이 영은 「자연환경보전법」 에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조 (자연환경보전기본방침에 포함되어야 할 사항) 

「자연환경보전법」 (이하 “법”이라 한다) 제6조제2항제8호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 자연환경보전을 위한 전문인력의 육성 및 연구·조사기관의 확충
2. 자연환경보전을 위한 사업추진 및 비용조달

제3조 (주요시책의 협의) 

법 제7조제3항의 규정에 따라 중앙행정기관의 장이 환경부장관과 협의하여야 할 자연환경보전과 직접적인 관계가 있는 주요시책 또는 계획은 다음 각 호와 같다. [개정 2006.8.4 제19639호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 시행령), 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령), 2007.8.17 제20222호(문화재보호법 시행령), 2007.9.10 제20256호(광업법 시행령), 2010.12.29 제22560호(문화재보호법 시행령)] [[시행일 2011.2.5]]
1. 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제23조의 규정에 따른 유치지역의 지정계획
2. 「자유무역지역의 지정 등에 관한 법률」제4조의 규정에 따른 자유무역지역의 지정
3. 「광업법」 제85조에 따른 광업개발계획 및 연차실행계획
4. 「산림문화·휴양에 관한 법률」 제13조의 규정에 따른 자연휴양림의 지정
5. 「문화재보호법」 제25조에 따른 천연기념물의 지정 및 같은 법 제27조에 따른 보호구역의 지정

제4조 (자연환경보전기본계획의 경미한 변경) 

법 제8조제5항의 단서에서 “대통령령이 정하는 경미한 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 제외한 것을 말한다.
1. 자연환경보전에 관한 기본방향 및 보전목표 설정에 관한 사항
2. 자연환경보전을 위한 주요 추진과제에 관한 사항
3. 지방자치단체별로 추진할 주요 자연보전시책에 관한 사항
4. 자연경관의 주요 보전·관리에 관한 사항
5. 생태축의 구축·추진에 관한 사항
6. 생태통로 설치 및 훼손지 복원 등 생태계 복원을 위한 주요 사업에 관한 사항
7. 경비의 산정 및 재원조달 방안에 관한 사항 중에서 총액의 100분의 30이상을 변경하는 경우
8. 법 제11조의 규정에 따른 자연환경종합지리정보시스템의 구축·운영에 관한 사항

제5조 (자연환경보전기본계획에 포함되어야 할 사항) 

법 제9조제10호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 자연보호운동의 활성화에 관한 사항
2. 자연환경보전 국제협력에 관한 사항

제6조 (자연환경정보망 구축·운영의 전문기관 위탁) 

환경부장관은 법 제11조제3항의 규정에 따른 자연환경정보망의 구축·운영에 관한 사무를 「환경정책기본법 시행령」 제12조제2항에 따른 전문기관 중 자연환경·생태분야의 전문기관에 위탁할 수 있다. [개정 2012.7.20 제23967호(환경정책기본법 시행령)]

제7조 (생태·경관보전지역의 범위 및 지정기준) 

①법 제12조제1항제4호에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 관계 행정기관의 장이나 특별시장·광역시장 또는 도지사(이하 “시·도지사”라 한다)가 자연경관이 수려하여 특별히 보전할 필요가 있다고 추천하는 지역을 말한다.
②환경부장관은 법 제12조제1항의 규정에 따른 생태·경관보전지역을 지정함에 있어서 객관적으로 보전가치가 큰 지역을 지정하기 위하여 필요한 경우에는 관계중앙행정기관의 장과 협의하여 그 세부 지정기준을 정할 수 있다.

제8조 (생태·경관보전지역의 지정에 사용하는 지형도) 

법 제13조제1항 본문 및 법 제24조제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지형도”라 함은 당해 생태·경관보전지역의 구역별 범위 및 면적을 표시한 축척 5천분의 1이상의 지형도로서 지적도가 함께 표시되거나 덧씌워진 것을 말한다.

제9조 (생태·경관보전지역의 경미한 변경) 

법 제13조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 경미한 사항”이라 함은 다음 각 호의 경우를 제외한 사항을 말한다.
1. 생태·경관보전지역의 전체면적을 확대 또는 축소하는 경우
2. 생태·경관전이보전구역(이하 “전이구역”이라 한다)을 생태·경관핵심보전구역(이하 “핵심구역”이라 한다) 또는 생태·경관완충보전구역(이하 “완충구역”이라 한다)으로 조정하는 경우
3. 완충구역을 핵심구역으로 조정하는 경우
4. 핵심구역·완충구역 또는 전이구역 간의 면적조정이 전체면적의 100분의 10이상인 경우(제2호 또는 제3호에 해당하는 경우를 제외한다)
제10조 (생태·경관보전지역관리기본계획에 포함되어야 할 사항) 

법 제14조제4호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 생태·경관보전지역 안의 생태계 및 자연경관의 변화 관찰에 관한 사항
2. 생태·경관보전지역 안의 오수 및 폐수의 처리방안과 법 제20조제2항의 규정에 따른 오수 및 폐수의 처리를 위한 지원방안에 관한 사항
3. 생태·경관보전관리기본계획(이하 “관리기본계획”이라 한다)에 포함된 사업의 시행에 소요되는 비용의 산정 및 재원의 조달방안에 관한 사항
4. 환경친화적 영농 및 법 제41조의 규정에 따른 생태관광의 촉진 등 주민의 소득증대 및 복지증진을 위한 지원방안에 관한 사항

제11조 (자연환경보전에 유해한 행위) 

법 제15조제1항제5호에서 “대통령령이 정하는 행위”라 함은 다음 각 호의 어느 하나의 행위를 말한다.
1. 수면의 매립·간척
2. 불을 놓는 행위

제12조 (재해의 범위) 

법 제15조제2항제2호 및 법 제16조 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 재해”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 건축물·공작물 등의 붕괴·폭발 등으로 인명 피해가 발생하거나 재산상 손실이 발생한 경우
2. 화재가 발생한 경우
3. 그 밖의 현존하는 위험으로부터 인명을 구조하기 위하여 필요한 경우

제13조 (행위제한 등의 배제) 

①법 제15조제2항제3호에서 “대통령령이 정하는 행위”라 함은 생태·경관보전지역 또는 그 인근지역에 거주하는 주민이나 생태·경관보전지역 안의 토지·공유수면의 소유자·점유자 또는 관리인의 행위로서 생태적으로 지속가능하다고 인정되는 농사, 어로행위, 수산물의 채취행위, 버섯·산나물 등의 채취행위 그 밖의 이에 준하는 행위를 말한다.
②법 제15조제2항제8호에서 “대통령령이 정하는 행위 및 필요한 시설을 설치하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제14조의 규정에 따른 관리기본계획에 포함된 시설 등을 설치하는 경우
2. 생태·경관보전지역의 생태계 및 자연경관에 대한 정기적인 현황조사·학술연구 또는 그 수행에 필요한 관측시설 등을 설치하는 경우
3. 생태·경관보전지역을 보호하고 외부인의 무단출입으로 인한 자연환경의 훼손을 방지하기 위하여 필요하다고 인정되는 시설 등을 설치하는 경우

제14조 (완충구역 안에서 허용되는 행위) 

①법 제15조제3항제1호에서 “대통령령이 정하는 건축물등”이라 함은 다음 각 호의 시설(부대시설 및 부설주차장을 포함한다)로서 환경부령이 정하는 규모 이하의 것을 말한다.
1. 「건축법 시행령」별표 1(이하 이 항에서 “동표”라 한다)에 정한 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 것
가. 동표 제1호 가목의 단독주택
나. 동표 제3호 가목의 수퍼마켓 또는 일용품 등의 소매점
다. 동표 제3호 나목의 휴게음식점
2. 농산물·임산물·수산물의 보관·저장시설 또는 판매시설
②법 제15조제3항제2호에서 “대통령령이 정하는 시설”이라 함은 관리기본계획에 반영된 시설 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 자연학습장, 생태 또는 산림박물관, 수목원, 식물원, 생태숲, 생태체험장, 생태연구소 등 자연환경의 교육·홍보 또는 연구를 위한 시설
2. 「청소년활동 진흥법」 제10조의 규정에 따른 청소년수련원 또는 청소년야영장

제15조 (전이구역 안에서 허용되는 행위) 

①법 제15조제4항제2호에서 "대통령령이 정하는 건축물등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. [개정 2008.5.26 제20791호(장사 등에 관한 법률 시행령), 2008.10.29 제21098호(건축법 시행령), 2009.7.16 제21629호(건축법 시행령)]
1. 환경부령이 정하는 규모 이하의 주거용 건축물
2. 환경부령이 정하는 규모 이하의 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물(신축·증축 및 개축의 경우에 한한다)
가. 「건축법 시행령」 별표 1(이하 이 항 및 제2항에서 "동표"라 한다) 제3호의 제1종 근린생활시설(휴게음식점·제과점 및 목욕장을 제외한다)
나. 동표 제4호의 제2종 근린생활시설(일반음식점·휴게음식점·제과점·실내낚시터·골프연습장·총포판매사·단란주점 및 안마시술소를 제외한다)
다. 같은 표 제9호가목의 병원
라. 같은 표 제21호가목 또는 마목의 축사 또는 작물 재배사
마. 동표 제26호나목의 봉안당(현지 지역주민들을 위한 것에 한한다)
바. 초등학교
②법 제15조제4항제3호에서 “대통령령이 정하는 음식·숙박·판매시설”이라 함은 환경부령이 정하는 규모 이하의 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 동표 제3호 나목의 휴게음식점·제과점
2. 동표 제4호 가목의 일반음식점
3. 동표 제4호 나목의 휴게음식점·제과점
4. 동표 제8호 아목의 청소년수련시설
③법 제15조제4항제4호에서 “대통령령이 정하는 공공용시설 및 생활편의시설”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 도로(탐방로를 포함한다) 또는 주차장 등 교통시설
2. 국가·지방자치단체 등이 설치하는 상·하수도 또는 전주 등의 공공용시설 또는 지역주민을 위한 생활편의시설

제16조 (개발사업 등의 제한) 

①법 제15조제5항에서 "대통령령이 정하는 개발사업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. [개정 2006.8.4 제19639호(「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 시행령」), 2008.4.3 제20763호(「하천법 시행령」), 2010.10.14 제22449호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령)]
1. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제9조에 따른 임도의 시설, 동법 제36조제1항·제4항에 따른 입목벌채등의 허가·신고대상 사업
2. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 매립사업
3. 「농지법」 제36조의 규정에 따른 농지의 전용허가·협의대상 사업
4. 「초지법」 제23조의 규정에 따른 초지의 전용허가·협의대상 사업
5. 「하천법」 제33조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 수반하는 사업
6. 「골재채취법」 제22조의 규정에 따른 골재채취의 허가대상 사업
②환경부장관은 법 제15조제5항의 규정에 따라 개발사업 또는 영농행위를 제한하고자 하는 경우에는 관계 중앙행정기관의 장 및 시·도지사와 협의하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
③환경부장관은 법 제15조제5항의 규정에 따른 개발사업 또는 영농행위를 제한하는 경우에는 제한되는 사업의 종류, 제한구역의 위치·면적, 제한사유 그 밖의 필요한 사항을 고시하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제17조 (금지행위) 

법 제16조제4호에서 “대통령령이 정하는 행위”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 소리·빛·연기·악취 등을 내어 야생동물을 쫓는 행위
2. 야생동·식물의 둥지·서식지를 훼손하는 행위
3. 완충구역 또는 전이구역 안에서 풀·입목·죽을 채취·벌채하거나 고사시키는 행위 또는 고사시키기 위하여 유독물·농약 등을 살포·주입하는 행위. 다만, 「문화재보호법」 에 따른 문화재 및 그 보호구역에서는 「문화재보호법」 이 정하는 바에 따르며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 법 제15조의 규정에 따른 행위제한의 대상에 해당되지 아니하는 경우를 제외한다.
가. 법 제15조제2항제3호 내지 제8호에 해당하는 경우
나. 법 제15조제3항제1호 내지 제5호의 규정에 해당하는 경우
다. 법 제15조제4항제1호 내지 제4호의 규정에 해당하는 경우
4. 가축의 방목
5. 완충구역 또는 전이구역 안에서 동물을 포획하거나 알을 채취하는 행위 또는 화약류·덫·올무·그물·함정 등을 설치하는 행위. 다만, 「문화재보호법」 에 따른 문화재 및 그 보호구역에서는 「문화재보호법」 이 정하는 바에 따른다.
6. 동물의 방사. 다만, 조난된 동물을 구조·치료하여 동일지역에 방사하거나 관계행정기관의 장이 야생동·식물의 복원을 위하여 환경부장관과 협의하여 동물을 방사하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제17조의2 (출입제한의 예외) 

법 제16조의2제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 행위"란 환경부장관이 인정하는 학술조사·연구를 말한다.
[본조신설 2013.9.23]

제18조 (관리전환 대상 토지 등의 선정) 

①환경부장관은 법 제18조제1항 본문의 규정에 따라 관리전환을 받고자 하는 경우에는 해당지역의 위치·면적 및 생태·경관적 가치 등을 기재한 서류를 갖추어 관계중앙행정기관의 장에게 관리전환을 요청하여야 한다. [개정 2009.7.27 제21641호(국유재산법 시행령)] [[시행일 2009.7.31]]
②환경부장관은 관리전환을 요청하고자 하는 국유의 토지·건축물 그 밖에 그 토지에 정착된 물건(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)을 파악하기 위하여 필요한 경우에는 국방부장관 등 관계중앙행정기관의 장에게 다음 각 호의 사항에 대한 협조를 요청할 수 있다. [개정 2009.7.27 제21641호(국유재산법 시행령)] [[시행일 2009.7.31]]
1. 법 제18조제1항의 규정에 따른 지역에 소재하는 국유의 토지등의 위치·면적·용도 등에 관한 자료의 열람 또는 대출
2. 현지조사를 위하여 필요한 경우의 출입제한구역 안의 출입
[본조제목개정 2009.7.27] [[시행일 2009.7.31]]

제19조 (생태·경관보전지역 등의 주민지원) 

①법 제20조제1항의 규정에 따른 주민지원은 생태·경관보전지역 및 그 인접지역에서 주택( 「주택법 시행령」별표 1 제2호가목 및 나목의 규정에 따른 아파트 및 연립주택을 제외한다)의 신축·개축·증축으로 인하여 오수 또는 분뇨의 정화시설을 설치하는 경우를 대상으로 한다.
②제1항의 규정에 따른 인접지역의 범위는 수질오염물질의 발생원 및 수량, 하천의 자정능력 등을 고려하여 환경부장관이 정하여 고시한다.
③법 제20조제1항의 규정에 따른 지원경비의 산정기준은 정화시설의 종류·규모 및 대상지역의 위치 등을 고려하여 환경부장관이 정하여 고시한다.
④법 제20조제1항의 규정에 따라 지원을 받고자 하는 자는 지원신청서에 환경부령이 정하는 서류를 갖추어 시·도지사에게 신청하여야 한다.
⑤시·도지사는 제4항의 규정에 따른 지원신청에 따라 다음 각 호의 사항을 포함하는 주민지원사업계획을 수립하여 매년 4월말까지 환경부장관에게 제출하여야 한다.
1. 사업개요
2. 지원대상 지역 및 가구 수
3. 지원추진계획
4. 총 지원금액
5. 그 밖에 지원의 추진에 필요한 사항

제20조 (자연경관영향의 협의 또는 검토대상 등) 

①법 제28조제1항제1호에서 “대통령령이 정하는 거리”라 함은 별표 1과 같다.
②법 제28조제1항제2호에서 “대통령령이 정하는 개발사업등”이라 함은 별표 2와 같다.
③법 제28조제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제59조의 규정에 따른 지방도시계획위원회의 심의를 거치는 경우
2. 「건축법 시행령」 제5조제4항의 규정에 따른 지방건축위원회의 심의를 거치는 경우

제21조 (자연경관심의위원회의 구성 등) 

①법 제29조제2항의 규정에 따른 자연경관심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)는 위원장 1인을 포함한 15인 이내의 위원으로 구성한다.
②위원장은 지방환경관서의 장이 자연경관 업무를 담당하는 소속 공무원 중에서 지명하고, 위원은 조경·도시계획·건축·환경·농림·산림자원 또는 생태분야 등 자연경관의 보전·관리·평가 등에 관련된 학식과 경험이 풍부한 자 중에서 지방환경관서의 장이 위촉하는 자가 된다.
③위원의 임기는 2년으로 하되, 연임할 수 있다.
④심의위원회는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 법 제28조제1항의 규정에 따라 협의를 요청받은 개발사업등에 대한 자연경관영향의 심의
2. 그 밖에 지방환경관서의 장이 자연경관에 미치는 영향이 크다고 인정하여 심의를 요청하는 사항
⑤심의위원회는 제4항제1호의 자연경관영향의 심의를 함에 있어서 다음 각 호의 사항을 검토하여야 한다. 
1. 자연경관자원의 현황(사업지역 및 그 주변지역을 포함한다)
2. 주요 조망점 및 주요 조망대상을 연결하는 경관축
3. 보전가치가 있는 자연경관의 훼손 여부
4. 주변 자연경관과의 조화성
5. 경관영향 저감방안
6. 경관변화의 예측 및 평가




제22조 (심의위원회의 운영 등) 

①위원장은 회의를 소집하고, 그 의장이 된다.
②심의위원회의 회의는 위원장과 위원장이 매 회의마다 지정하는 5인 이상의 위원으로 구성한다.
③심의위원회의 회의는 제2항의 규정에 따른 구성위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.
④위원장은 심의위원회의 심의사항과 관련하여 필요하다고 인정하는 때에는 관계인의 의견을 들을 수 있다.
⑤심의위원회에 출석한 위원에 대하여는 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다. 다만, 공무원인 위원이 그 소관 업무와 직접적으로 관련되어 심의위원회에 출석하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥이 영에 규정된 사항 외에 심의위원회의 운영에 관하여 필요한 사항은 환경부장관이 따로 정한다.

제23조 (자연환경조사의 내용 및 방법 등) 

①법 제30조제5항의 규정에 따른 자연환경조사의 내용은 다음 각 호와 같다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 산·하천·도서 등의 생물다양성 구성요소의 현황 및 분포
2. 지형·지질 및 자연경관의 특수성
3. 야생동·식물의 다양성 및 분포상황
4. 환경부장관이 정하는 조사방법 및 등급분류기준에 따른 녹지등급
5. 식생현황
6. 멸종위기 야생동·식물 및 국내 고유생물종의 서식현황
7. 경제적 또는 의학적으로 유용한 생물종의 서식현황
8. 농작물·가축 등과 유전적으로 가까운 야생종의 서식현황
9. 토양의 특성
10. 그 밖에 자연환경의 보전을 위하여 특히 조사할 필요가 있다고 환경부장관이 인정하는 사항
②법 제30조제5항의 규정에 따른 자연환경조사의 방법은 법 제32조의 규정에 따른 자연환경조사원이 직접 현지를 조사하는 방법을 원칙으로 하되, 항공기·인공위성 등을 통한 원격탐사 또는 청문·자료·문헌 등을 통한 간접 조사의 방법에 의할 수 있다.
③환경부장관 또는 시·도지사는 제2항의 규정에 따라 자연환경조사원이 현지조사를 하는 경우 관계행정기관의 장에게 다음 각 호의 사항에 대한 협조를 요청할 수 있다. 이 경우 관계행정기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 관할 출입제한구역 안의 출입
2. 조사관련 자료의 열람 또는 대출
④환경부장관은 조사 개시일 10일 전까지 환경부령이 정하는 사항이 포함된 자연환경조사계획을 수립하여 관계 행정기관의 장 및 시·도지사에게 통보하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제24조 (생태·자연도 1등급 권역에 포함되는 지역) 

법 제34조제1항제1호 마목에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 지역"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 자연원시림이나 이에 가까운 산림 또는 고산초원
2. 자연상태나 이에 가까운 하천·호소 또는 강하구

제25조 (별도관리지역) 

법 제34조제1항제4호에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다. [개정 2006.8.4 제19639호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 시행령), 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령), 2010.3.9 제22073호(산림보호법 시행령), 2010.12.29 제22560호(문화재보호법 시행령), 2012.7.31 제24001호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행령)]
1. 「산림보호법」 제7조제1항에 따른 산림보호구역
2. 「자연공원법」 제2조제1호의 규정에 따른 자연공원
3. 「문화재보호법」 제25조에 따라 천연기념물로 지정된 구역(그 보호구역을 포함한다)
4. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제27조제1항에 따른 야생생물 특별보호구역 또는 같은 법 제33조제1항에 따른 야생생물 보호구역
5. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제40조의 규정에 따른 수산자원보호구역(해양에 포함되는 지역은 제외한다)
6. 「습지보전법」 제8조제1항의 규정에 따른 습지보호지역(연안습지보호지역을 제외한다)
7. 「백두대간보호에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 백두대간보호지역
8. 법 제12조의 규정에 따른 생태·경관보전지역
9. 법 제24조의 규정에 따른 시·도 생태·경관보전지역

제26조 (자료 등의 협조요청) 

법 제34조제3항의 규정에 따라 환경부장관이 관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장에게 요청할 수 있는 자료는 다음 각 호와 같다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 관계 중앙행정기관 또는 지방자치단체에서 보유하고 있는 자연환경 또는 인문사회 등에 관한 자료
2. 지방자치단체에서 작성한 생태·자연도 및 그 기초 자료



제27조 (생태·자연도의 작성방법 등) 

①환경부장관은 법 제34조제4항의 규정에 따라 관계 중앙행정기관 및 시·도지사와 협의하여 생태·자연도의 작성지침을 정하고, 그에 따라 생태·자연도를 작성하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
②관계 중앙행정기관의 장 및 시·도지사는 제1항의 규정에 따라 작성된 생태·자연도의 권역별 구분 등에 대한 수정·보완을 환경부장관에게 요청할 수 있다. 이 경우 현지 확인의 내역 또는 객관적 자료 등을 첨부하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
③환경부장관은 생태·자연도를 작성함에 있어 기초 자료로 활용하기 위하여 녹지의 자연적 상태 및 인위적 변화상황 등을 나타내는 녹지자연도를 작성할 수 있다.
④제3항의 규정에 따른 녹지자연도의 작성 등에 관하여 필요한 사항은 환경부장관이 정한다.

제28조 (생태·자연도의 활용대상 등) 

①법 제34조제4항의 규정에 따른 생태ㆍ자연도의 활용대상은 다음 각 호와 같다. [개정 2008.12.24 제21185호(「환경영향평가법시행령」), 2012.7.20 제23966호(환경영향평가법 시행령), 2012.7.20 제23967호(환경정책기본법 시행령)]
1. 「환경정책기본법」 제14조·제17조 및 제18조에 따른 국가환경종합계획ㆍ환경보전중기종합계획 및 시ㆍ도환경보전계획
2. 「환경영향평가법」 제9조 및 제43조에 따른 전략환경영향평가협의 대상계획 및 소규모 환경영향평가 대상사업
3. 「환경영향평가법」 제22조에 따른 영향평가 대상사업
4. 그 밖에 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 수립하는 개발계획 중 특별히 생태계의 훼손이 우려되는 개발계획
②환경부장관, 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 계획을 수립하거나 개발사업에 대한 협의를 하고자 할 때에는 생태ㆍ자연도의 등급권역별로 다음 각 호의 기준을 고려하여야 하며, 환경부장관은 이를 위하여 생태ㆍ자연도를 제공하여야 한다.
1. 1등급 권역 : 자연환경의 보전 및 복원
2. 2등급 권역 : 자연환경의 보전 및 개발ㆍ이용에 따른 훼손의 최소화
3. 3등급 권역 : 체계적인 개발 및 이용

제29조 

삭제 [2008.10.20 제21087호(행정기관 소속 위원회의 정비를 위한 평생교육법 시행령 등)]


제30조 (생물다양성 및 생물자원의 보전대책에 포함되어야 할 사항) 

법 제35조제1항제6호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 생물다양성 구성요소 및 자연환경에 관한 정보·자료의 교류 및 기술협력
2. 생물다양성의 보전에 관한 홍보·교육
3. 그 밖에 법 제35조제1항의 규정에 따른 생물다양성에관한협약등의 국내 이행에 필요한 사항

제31조 (생물다양성 구성요소의 조사 등) 

①법 제36조제2항의 규정에 따른 조사의 대상은 다음 각 호와 같다.
1. 국내 생물다양성 구성요소의 분석·분포 및 이용 현황
2. 생물종의 생태학적 특성 및 역할
3. 자연적이거나 인위적인 교란에 따른 생태계의 변화 양상
4. 생물다양성의 보전과 그 구성요소의 지속가능한 이용에 나쁜 영향을 미칠 수 있는 개발행위
5. 고유종 및 외래종의 서식현황 및 생태특성
6. 전통적인 생물다양성 이용 지식 및 이용 생물종의 서식현황
7. 그 밖에 생물다양성의 보전과 그 구성요소의 지속가능한 이용을 위하여 조사할 필요가 있다고 인정되는 사항
②제1항의 규정에 따른 조사는 환경부장관이 이를 실시한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
③환경부장관은 제2항의 규정에 따른 조사를 실시함에 있어서 환경부령이 정하는 관계전문가로 하여금 당해 조사를 실시하도록 할 필요가 있는 경우에는 당해 조사를 대행하게 할 수 있다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
④제3항의 규정에 따라 조사의 대행을 요청받은 자는 이를 대행하고자 하는 때에는 환경부령이 정하는 사항이 포함된 계획을 수립하여 환경부장관에게 제출하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제32조 (생물다양성관리계약의 체결 등) 

①환경부장관, 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장(이하 이 조에서 "해당관서장"이라 한다)은 법 제37조제1항의 규정에 따라 생물다양성관리계약을 체결하고자 하는 경우에는 계약의 주요내용·대상지역·계약기간 등 필요한 사항을 관할 지방자치단체의 공보에 공고하고 당해 지역을 관할하는 읍·면·동의 게시판에 15일 이상 게시하여야 한다.
②법 제37조제1항의 규정에 따라 생물다양성관리계약을 체결하고자 하는 토지·공유수면의 소유자·점유자 또는 관리인은 환경부령이 정하는 바에 따른 생물다양성관리계약 청약서를 해당관서장에게 제출하여야 한다.
③해당관서장은 제2항의 규정에 따라 청약서를 제출받은 경우에는 계약내용, 실비보상액의 지급시기·산정방법 등 필요한 사항에 대하여 청약인과 협의하여 이를 조정할 수 있으며, 그 협의·조정된 내용에 따라 청약인과 계약하여야 한다.
④환경부장관은 계약내용의 보고 그 밖의 생물다양성관리계약의 운용에 필요한 세부사항을 정하여 시·도지사에게 통보할 수 있다.

제33조 (생물다양성관리계약에 따른 실비보상) 

①법 제37조제2항에서 “대통령령이 정하는 기준”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 휴경 등으로 수확이 불가능하게 된 경우 : 수확이 불가능하게 된 면적에 단위면적당 손실액을 곱하여 산정한 금액
2. 경작방식의 변경 등으로 수확량이 감소하게 된 경우 : 수확량이 감소한 면적에 단위면적당 손실액을 곱하여 산정한 금액
3. 야생동물의 먹이제공 등을 위하여 농작물을 수확하지 아니하는 경우 : 수확하지 아니하는 면적에 단위면적당 손실액을 곱하여 산정한 금액
4. 토지를 임대하는 경우 : 인근 토지의 임대료에 상당하는 금액
5. 습지 등 야생동물의 쉼터를 조성하는 경우 : 습지 등의 조성 및 관리에 필요한 금액
6. 그 밖에 계약의 이행에 따른 손실이 발생하는 경우 : 손실액에 상당하는 금액
②환경부장관은 제1항의 규정에 따른 실비보상의 세부기준, 단위면적당 보상액 및 지급방법 등에 관하여 필요한 사항을 정하여 시·도지사에게 통보할 수 있다.

제34조 (자연휴식지의 지정) 

①지방자치단체의 장은 법 제39조제1항의 규정에 따라 자연휴식지를 지정하고자 하는 경우에는 다음 각 호의 사항이 포함된 자연휴식지관리계획을 수립하여야 한다.
1. 자연휴식지의 명칭·위치 및 면적
2. 지정목적
3. 당해 지역의 생태적·경관적 가치
4. 자연환경보전·이용시설의 설치계획
5. 자연휴식지의 관리 및 활용계획
6. 그 밖에 자연휴식지의 보전 및 건전한 이용에 필요한 사항
②자연휴식지로 지정하고자 하는 구역이 다른 지방자치단체의 관할구역에 걸치는 경우에는 당해 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
③지방자치단체의 장은 자연휴식지를 지정한 때에는 지체 없이 다음 각 호의 사항을 고시하여야 한다.
1. 자연휴식지의 명칭·위치·면적 및 범위
2. 자연휴식지의 지정목적·지정근거 및 지정연월일
3. 자연휴식지 안의 주요 자연자산의 명칭·위치
4. 자연휴식지를 관리하는 지방자치단체명
④환경부장관 또는 시·도지사는 필요한 경우 시·도지사 또는 시·군·구청장에게 자연휴식지의 적정한 유지·관리를 위한 조치를 하도록 권고할 수 있다.

제35조 (입목의 벌채 등을 제한할 수 있는 기준) 

법 제40조제3호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자연휴식지 안의 숲·거목 등을 훼손함으로써 자연휴식지의 생태적 가치가 상실되거나 자연탐방 또는 생태교육에 중대한 영향을 미치는 경우
2. 전통사찰, 역사적 유물 및 전통·생태마을 등 주변의 자연경관과 조화되거나 지역 주민의 정서상 보전의 가치가 큰 경우
3. 그 밖에 암석·암벽·폭포·해안선 등 자연경관이 우수한 지역으로서 지방자치단체의 장이 보전할 필요가 있다고 인정하는 경우

제35조의2 (야생동ㆍ식물의 생태적 특성 및 서식실태 등에 관한 조사) 

① 법 제45조제2항에 따른 야생동·식물의 생태적 특성 및 서식실태 등에 관한 조사는 법 제11조제1항에 따른 자연환경정보망 또는 청문·자료·문헌 등을 통한 사전조사 및 관련 전문가가 현장에서 실시하는 정밀조사의 방법에 따른다.
② 법 제45조제2항에 따른 야생동·식물의 생태적 특성 및 서식실태 등에 관한 조사에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 이동 및 생태적 연속성이 단절될 우려가 있는 야생동·식물종의 서식현황 및 식생현황
2. 이동이 단절될 우려가 있는 야생동물종의 먹이, 번식특성, 먹이장소, 잠자리, 은신처, 이동경로 등 생태적 특성
3. 이동이 단절될 우려가 있는 야생동물종의 생존에 대한 주요 위협요인
4. 야생동·식물의 서식이나 식생 및 생태통로의 구조나 설계와 관련된 지형·지질·토양 등의 환경적 요소
5. 야생동물 차량사고 등 사고발생 빈발구간 및 사고발생 야생동물종 현황
6. 「백두대간 보호에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 백두대간 등 주요 생태축과의 연결성
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 야생동·식물의 생태적 특성 및 서식실태 등에 관한 조사에 필요한 세부사항은 환경부장관이 정한다.
[본조신설 2012.1.26]

제36조 (생태계보전협력금의 부과대상사업) 

① 법 제46조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 「환경영향평가법」 제9조제1항에 따른 전략환경영향평가 대상계획 중 같은 조 제2항제2호에 따른 개발기본계획에 포함된 사업으로서 해당 계획의 수립·확정 이후 환경영향평가에 관한 법령이나 그 밖의 개별 법령에 따라 환경영향평가가 생략되거나 제외되는 등 환경영향평가 또는 소규모 환경영향평가에 대한 협의절차 없이 시행되는 사업을 말한다. [신설 2013.9.23]
② 법 제46조제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 규모 이상의 노천탐사·채굴사업"이란 「광업법」 제42조에 따른 채굴계획 인가면적이 10만 제곱미터 이상인 사업으로서 같은 법 제43조에 따라 허가등을 받은 것으로 보는 면적(채굴계획을 인가받은 후 같은 법 제43조제1항 각 호에 따른 허가등을 받는 경우에는 그 면적을 합한 것을 말한다)이 5천 제곱미터 이상인 노천탐사·채굴사업을 말한다. [개정 2010.12.28 제22556호(광업법 시행령), 2013.9.23]
[전문개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]

제37조 (생태계 훼손면적의 산정) 

①법 제46조제3항 본문의 규정에 따른 생태계의 훼손면적은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 훼손행위가 발생하는 지역의 면적으로 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령), 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
1. 토양의 표토층을 제거·굴착 또는 성토하여 토지 형질변경이 이루어지는 행위
2. 식물이 군락을 이루며 서식하는 지역을 제거하거나 파괴하는 행위
3. 습지 등 생물다양성이 풍부한 지역을 개간·준설·매립 또는 간척하는 행위
②제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 면적은 생태계의 훼손면적에서 제외한다. [개정 2009.12.14 제21881호(측량·수로조사 및 지적에 관한 법률 시행령)]
1. 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 지목이 대ㆍ공장용지ㆍ학교용지ㆍ도로ㆍ철도용지ㆍ체육용지 및 유원지인 토지의 면적
2. 제1호 외의 토지 중에서 시설물이 설치된 토지의 면적

제38조 (생태계보전협력금의 부과·징수) 

①법 제46조제3항 본문의 규정에 따른 생태계보전협력금의 단위면적당 부과금액은 제곱미터당 250원으로 한다.
②법 제46조제3항 본문의 규정에 따른 지역계수는 다음 각 호와 같다. 이 경우 토지의 용도는 법 제46조제2항의 규정에 따른 생태계보전협력금 부과대상 사업의 인가·허가 또는 승인 등 처분시의 토지의 용도(부과대상사업의 시행을 위하여 토지의 용도를 변경하는 경우에는 변경 전의 용도를 말한다)에 따른다. [개정 2009.12.14 제21881호(측량·수로조사 및 지적에 관한 법률 시행령)]
1. 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역 및 계획관리지역 : 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 지목이 전ㆍ답ㆍ임야ㆍ염전ㆍ하천ㆍ유지 또는 공원에 해당하는 경우에는 1, 그 밖의 지목인 경우에는 0
2. 녹지지역 : 2
3. 생산관리지역 : 2.5
4. 농림지역 : 3
5. 보전관리지역 : 3.5
6. 자연환경보전지역 : 4
③환경부장관은 생태계보전협력금을 부과하고자 하는 때에는 1개월간의 납부기간을 정하여 납부개시 5일 전까지 서면으로 통지하여야 한다. [개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
④환경부장관은 생태계보전협력금의 부과금액이 1천만원을 초과하여 납부의무자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 생태계보전협력금을 일시에 납부하기 어렵다고 인정되는 경우에는 3년 이내의 기간을 정하여 분할납부하게 할 수 있다. 다만, 그 분할납부 기간은 사업기간을 초과할 수 없다. [개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
1. 재해 또는 도난 등으로 재산에 뚜렷한 손실을 입은 경우
2. 사업여건이 악화되어 사업이 중대한 위기에 처한 경우
3. 납부의무자 또는 그 동거가족의 질병이나 중상해로 자금사정에 뚜렷한 어려움이 발생한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사정이 있는 경우
⑤제4항의 규정에 따른 분할납부의 횟수·납부기한 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

제39조 (생태계보전협력금의 감면) 

법 제46조제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 「국방·군사시설 사업에 관한 법률」 제2조제1호가목부터 바목까지의 규정에 따른 국방·군사시설사업을 말하며, 동 사업에 대하여는 생태계보전협력금을 면제한다. [개정 2012.1.25 제23529호(국방·군사시설 사업에 관한 법률 시행령)]

제40조 (생태계보전협력금의 재산정) 

①환경부장관은 제38조의 규정에 따라 부과 또는 징수된 생태계보전협력금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 생태계보전협력금을 다시 산정하여 정정하되, 이미 납부한 금액과 재산정된 금액에 차이가 있는 때에는 그 차액을 다시 부과하거나 환급하여야 한다. 
1. 생태계보전협력금의 부과대상 또는 납부의무자가 잘못된 경우
2. 생태계보전협력금의 산정이 잘못된 경우
3. 해당 구역 또는 단지의 생태계 훼손면적을 잘못 또는 허위로 산정한 경우
②환경부장관은 제1항의 규정에 따라 생태계보전협력금을 다시 부과하거나 환급하고자 하는 때에는 서면으로 이를 통지하여야 한다.

제41조 (생태계보전협력금의 재산정 신청) 

①제38조제3항의 규정에 따라 생태계보전협력금의 납부고지를 받은 자는 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 생태계보전협력금의 납부고지를 받은 날부터 30일 이내에 당해 생태계보전협력금의 재산정을 신청할 수 있다. 
②환경부장관은 제1항의 규정에 따른 재산정신청이 있는 때에는 30일 이내에 그 처리결과를 신청인에게 통지하여야 한다.

제42조 (생태계보전협력금의 정산) 

①환경부장관은 생태계보전협력금의 부과대상 사업의 준공검사·신고 등(이하 “준공검사등”이라 한다)을 받은 후 해당 구역 또는 단지의 생태계 훼손면적이 변경됨에 따라 당초 납부한 생태계보전협력금과 차이가 발생하는 경우에는 생태계보전협력금을 정산하여 부과하거나 환급하여야 한다. 
②제1항의 규정에 따라 생태계보전협력금을 환급받고자 하는 자는 준공검사등을 받은 후 90일 이내에 환경부령이 정하는 서류를 갖추어 환경부장관에게 신청하여야 한다.
③환경부장관은 제1항의 규정에 따라 생태계보전협력금을 정산하여 부과하거나 환급하고자 하는 경우에는 서면으로 이를 통지하여야 한다.

제43조 (생태계보전협력금의 부과ㆍ징수비용의 교부 등) 

①법 제46조제5항 전단에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 산정한 금액을 말한다. [개정 2013.9.23]
1. 생태계보전협력금 및 가산금의 징수액
2. 생태계보전협력금 및 가산금의 징수율을 고려하여 100분의 40 이상 100분의 60 이하의 범위에서 환경부장관이 정하여 고시하는 비율
②법 제46조제5항 후단의 규정에 따라 시·도지사가 생태계보전협력금의 교부금을 생태계보전협력금의 부과·징수비용으로 사용하는 경우에는 생태계보전협력금 및 가산금 징수액의 100분의 10에 상당하는 금액 이하에서 사용하여야 한다. [개정 2013.9.23]

제44조 (통보하여야 하는 사업 인·허가등의 내용) 

법 제47조제1항에서 “대통령령이 정하는 인·허가등의 내용”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 부담금 산정의 기준이 되는 생태계 훼손면적
2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 의 규정에 따른 토지의 용도별 훼손면적

제45조 (생태계보전협력금의 그 밖의 용도) 

법 제49조제14호에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. [개정 2007.11.15, 2013.9.23]
1. 삭제 [2013.9.23]
2. 특정도서의 자연자산 조사 또는 보전사업
3. 훼손·단절된 생태축의 복원사업
4. 법 제34조제6항에 따른 도시생태현황지도를 작성하기 위한 사업

제46조 (자연환경보전사업의 범위 및 생태계보전협력금의 반환 등) 

①법 제50조제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 자연환경보전사업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 법 제46조제2항의 규정에 따른 생태계보전협력금의 부과대상 사업의 일부로서 추진되는 사업을 제외한다.
1. 법 제2조제6호의 규정에 따른 소생태계 조성사업
2. 법 제2조제9호의 규정에 따른 생태통로 조성사업
3. 법 제2조제11호의 규정에 따른 대체자연 조성사업
4. 법 제38조의 규정에 따른 자연환경보전·이용시설의 설치사업
5. 그 밖에 훼손된 생태계의 복원을 위한 사업
②법 제50조제1항의 규정에 따른 환경부장관의 승인을 얻고자 하는 자는 환경부령이 정하는 서류를 갖추어 환경부장관에게 승인신청을 하여야 한다.
③법 제50조제1항에 따른 자연환경보전사업 대행자(이하 “자연환경보전사업 대행자”라 한다)의 자격요건은 별표 3과 같다. [신설 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
④환경부장관은 제2항의 규정에 따른 승인신청이 있는 때에는 30일 이내에 승인여부를 결정하여 신청인에게 통지하여야 한다. [개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
⑤환경부장관은 제2항의 규정에 따라 승인신청한 사업이 자연생태계를 훼손하거나 복원효과가 미미하여 사업추진의 효과 및 타당성이 결여된다고 인정하는 경우에는 승인을 하지 아니할 수 있다. [개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
⑥제4항에 따라 승인을 받은 사업자 또는 자연환경보전사업 대행자가 법 제50조제1항에 따라 생태계보전협력금을 돌려받으려는 경우에는 승인을 받은 사업의 전부 또는 일부를 완료한 후 환경부령으로 정하는 서류를 갖추어 환경부장관에게 반환신청을 하여야 한다. 다만, 사업의 일부가 완료된 후 반환신청을 하는 경우에는 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다. [개정 2007.11.15, 2012.10.29 제24155호(행정규제 개선 등을 위한 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률 시행령 등)]
1. 승인받은 사업비의 100분의 30 이상이 집행된 경우일 것
2. 반환받는 횟수가 2회 이하일 것
⑦환경부장관은 제6항에 따른 신청이 있는 때에는 30일 이내에 그 처리결과를 신청인에게 통지하여야 한다. [개정 2007.11.15] [[시행일 2007.11.18]]
⑧제4항에 따라 승인을 받은 사업자 또는 자연환경보전사업 대행자에게 돌려 줄 수 있는 생태계보전협력금의 금액은 법 제46조제3항에 따라 납부된 생태계보전협력금의 100분의 50의 범위 안에서 승인을 얻은 사업에 제6항에 따른 반환신청 당시 실제로 투자된 금액으로 한다. [개정 2007.11.15, 2012.10.29 제24155호(행정규제 개선 등을 위한 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률 시행령 등)]
⑨환경부장관은 제4항에 따라 승인을 받은 사업이 적정하게 시행되는지를 확인하여야 하며, 승인조건을 이행하지 아니한 경우에는 환경부령으로 정하는 기준에 따라 제8항에 따른 산정금액의 일부를 감액하는 등 필요한 조치를 할 수 있다. [개정 2007.11.15, 2013.9.23]

제47조 (관계기관의 협조 사항) 

법 제51조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다. [개정 2008.2.29 제20680호(환경부와 그 소속기관 직제), 2010.12.29 제22560호(문화재보호법 시행령), 2013.3.23 제24451호(환경부와 그 소속기관 직제)]
1. 중요 생물서식지의 보전과 서식지의 단편화(斷片化)를 방지하기 위한 조치 또는 이미 단절되거나 단절될 우려가 있는 생태계의 복원을 위한 생태통로 및 소생태계의 조성
2. 생태·자연도의 1등급 권역으로서 심각하게 훼손되고 있거나 훼손의 위협을 받는 자연에 대한 원상회복조치
3. 자연공원 및 도시공원에서의 생물다양성을 보전·증진하거나 자연을 합리적으로 이용하기 위한 필요한 조치
4. 「문화재보호법」 제25조에 따라 천연기념물로 지정된 동·식물의 포획·채취 등의 제한(멸종위기야생동·식물에 한한다)
5. 「문화재보호법」 제25조에 따라 천연기념물(그 보호구역을 포함한다)로 지정된 구역에서의 행위제한(생태·경관보전지역에 한한다)
6. 생태적·경관적 가치가 높은 지역에 대한 자연경관의 훼손방지 및 보전을 위한 조치
7. 하천·도로·도시 관리에 있어 생물다양성의 증진을 위한 조치 및 생태계 기술의 활용
8. 외국에서 종자·목재 등을 도입하는 과정에서의 국내 생태계에 위해를 끼치는 외래 동·식물의 유입을 방지할 수 있는 조치
9. 생물농약의 개발·적용, 화학적 농약의 사용 감소 및 생산성이 높은 환경농법의 개발
10. 자연친화적 해충구제 방법의 개발
11. 녹지지역·풍치지구의 설정
12. 골재채취 계획의 변경 등 공공수역에 있어서의 준설에 관한 사항
13. 환경오염 및 각종 시설설치로 인하여 악화된 자연환경의 개선
14. 하천점용허가의 취소, 하천공사의 중지·변경 또는 공작물 등의 이동·제거
15. 공유수면의 점용·사용허가의 취소, 공유수면의 사용정지·제한 또는 시설물 등의 개축·제거
16. 그 밖에 자연환경의 보전과 지속가능한 이용을 위하여 환경부장관 또는 국토교통부장관이 요청하는 사항

제48조 (손실보상의 청구) 

①법 제53조제1항의 규정에 따라 손실보상을 청구하고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 손실보상청구서에 손실에 관한 증빙서류를 갖추어 환경부장관 또는 시·도지사에게 제출하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 청구인의 성명 및 주소
2. 손실을 입은 시기 및 장소
3. 손실의 내용
4. 손실액과 그 내역 및 산출방법
②환경부장관 또는 시·도지사는 제2항의 규정에 따라 손실보상의 청구를 받은 때에는 다음 각 호의 사항을 청구인에게 통지하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 협의의 기간 및 방법
2. 보상의 시기·방법 및 절차

제49조 (손실보상 재결신청) 

법 제53조제3항의 규정에 따라 토지수용위원회에 재결을 신청하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 기재한 재결신청서를 관할 토지수용위원회에 제출하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
1. 재결신청인의 성명 및 주소
2. 사업의 종류
3. 손실발생의 사실
4. 손실액과 그 내역
5. 협의의 내역

제50조 (자연환경보전명예지도원) 

①법 제58조의 규정에 따른 자연환경보전명예지도원(이하 “명예지도원”이라 한다)의 위촉기간은 2년으로 한다.
②환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 법 제58조의 규정에 따라 명예지도원이 되고자 하는 자의 신청을 받거나 법 제55조의 규정에 따른 한국자연환경보전협회의 추천을 받아 명예지도원을 위촉한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]
③명예지도원의 활동범위는 다음 각 호와 같다.
1. 자연환경보전을 위한 홍보 및 계도
2. 자연환경의 훼손행위에 대한 지도 및 관계기관에의 통보
3. 자연환경보전·이용시설 및 자연휴식지의 운영에 대한 건의
④환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 예산의 범위 안에서 명예지도원의 활동에 소요되는 경비를 지원할 수 있다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제51조 

삭제 [2012.1.26]

제52조 (권한의 위임) 

①환경부장관은 법 제61조의 규정에 따라 다음 각 호의 권한을 시·도지사에게 위임한다. [개정 2013.9.23] 
1. 법 제19조의 규정에 따른 생태·경관보전지역 등의 토지등의 매수
2. 법 제46조제1항의 규정에 따른 생태계보전협력금의 부과·징수 등
3. 법 제47조제1항에 따른 인·허가등의 내용에 관한 통보의 수령 및 같은 조 제2항에 따른 생태계보전협력금의 부과금액·납부기한 등에 관한 통지 
4. 법 제48조의 규정에 따른 생태계보전협력금의 강제징수
②환경부장관은 법 제61조제1항의 규정에 따라 다음 각 호의 권한을 유역환경청장 또는 지방환경청장(이하 "지방환경관서장"이라 한다)에게 위임한다. [개정 2012.1.26, 2013.9.23]
1. 법 제7조의 규정에 따른 주요시책 또는 계획의 협의(관계중앙행정기관의 장이 지방자치단체의 장 또는 당해 기관의 지방관서의 장에게 위임한 사항에 한한다)
2. 법 제14조의 규정에 따른 생태·경관보전지역관리기본계획의 수립·시행
3. 법 제15조제2항제4호의 규정에 따른 허가
4. 법 제15조제2항제7호의 규정에 따른 협의
5. 법 제17조의 규정에 따른 생태·경관보전지역 안에서의 행위중지·원상회복 또는 대체자연의 조성 등의 명령
6. 법 제31조제3항의 규정에 따른 생태계의 변화내용 관찰
7. 법 제37조제2항의 규정에 따른 생물다양성관리계약에 따른 실비보상
8. 법 제42조의 규정에 따른 생태마을의 지정 및 해제
9. 법 제44조의 규정에 따른 생태계의 보호·복원대책의 수립·시행
10. 법 제58조의 규정에 따른 자연환경보전명예지도원의 위촉
11. 법 제59조에 따른 자연환경해설사의 채용 및 활용
12. 법 제66조제2항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 과태료의 부과·징수(해양자연환경에 관한 사항의 경우를 제외한다)
13. 제46조제9항에 따른 사업의 적정 시행 여부에 대한 확인
③삭제 [2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제53조 (보고) 

시·도지사 또는 지방환경관서장은 제52조의 규정에 따라 위임받은 사무를 처리한 때에는 환경부령이 정하는 바에 따라 그 내용을 환경부장관에게 보고하여야 한다. [개정 2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2007.4.5]]

제53조의2 (고유식별정보의 처리) 

환경부장관(제52조에 따라 환경부장관의 권한을 위임받은 자를 포함한다)은 다음 각 호의 사무를 수행하기 위하여 불가피한 경우 「개인정보 보호법 시행령」 제19조제1호 및 제4호에 따른 주민등록번호 또는 외국인등록번호가 포함된 자료를 처리할 수 있다.
1. 법 제15조제2항제4호에 따른 생태·경관보전지역에서의 행위허가에 관한 사무
2. 법 제19조에 따른 토지 등의 매수에 관한 사무
3. 법 제20조제1항에 따른 개인하수처리시설 및 분뇨처리시설 설치 지원에 관한 사무
4. 법 제37조제1항에 따른 생물다양성관리계약 체결에 관한 사무
5. 법 제46조에 따른 생태계보전협력금 부과·징수에 관한 사무
6. 법 제47조에 따른 생태계보전협력금 부과대상사업 인·허가등 통보에 관한 사무
7. 법 제50조에 따른 생태계보전협력금 반환대상사업 승인에 관한 사무(생태계보전협력금 반환에 관한 동의를 포함한다) 및 생태계보전협력금 반환 지원에 관한 사무
8. 법 제53조에 따른 손실보상 및 재결에 관한 사무
[본조신설 2012.1.6 제23488호(민감정보 및 고유식별정보 처리 근거 마련을 위한 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행령 등)]


제54조 (과태료의 부과기준) 

법 제66조제1항 및 제2항에 따른 과태료의 부과기준은 별표 4와 같다.
[전문개정 2011.3.29]

부칙 [98·2·19]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제46조 내지 제53조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [개정 99·3·26]
제2조 (다른 법령의 개정) ①옥외광고물등관리법시행령중 다음과 같이 개정한다. 제10조제1항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 자연환경보전법 제18조의 규정에 의한 생태계보전지역 및 동법 제28조의 규정에 의한 자연유보지역
②폐광지역개발지원에관한특별법시행령중 다음과 같이 개정한다. 제9조를 삭제한다.
③환경기술개발및지원에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다. 제1조의2제12호중 "자연환경보전법 제25조의3제1호 및 제3호"를 "자연환경보전법 제37조제1항제1호·제2호 및 제4호"로 한다.
④제주도개발특별법시행령중 다음과 같이 개정한다. 제10조제12호를 다음과 같이 한다.
12. 자연환경보전법 제42조의 규정에 의한 자연환경보전·이용시설의 설치
⑤건축법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항제14호를 다음과 같이 한다.
14. 자연환경보전법 제20조
⑥외국인의토지취득및관리에관한법률시행령 중 다음과 같이 개정한다. 제5조제4호를 다음과 같이 한다.
4. 자연환경보전법 제18조의 규정에 의한 생태계보전지역 및 동법 제28조의 규정에 의한 자연유보지역의 토지를 취득하고자 하는 경우
⑦골재채취법시행령중 다음과 같이 개정한다. 제27조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 자연환경보전법 제18조의 규정에 의한 생태계보전지역 및 동법 제28조의 규정에 의한 자연유보지역
⑧수산업법시행령중 다음과 같이 개정한다. 제50조제1항제1호중 "특정야생동·식물"을 "멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물"로 한다.
⑨수산자원보호령중 다음과 같이 개정한다. 제11조의3제2항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 자연환경보전법 제2조제6호 및 제7호의 규정에 의한 멸종위기야생동·식물 및 보호야생동·식물
⑩환경부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다. 제11조의2제3항제4호중 "한국자연보존협회"를 "한국자연보전협회"로 하고, 동조제4항제4호중 "자연생태계보전지역"을 "생태계보전지역·자연유보지역"으로 하며, 동항제5호중 "특정야생동·식물"을 "멸종위기야생동·식물 및 보호야생동· 식물"로 하고, 동항제6호중 "자연환경보전시설"을 "자연환경보전·이용시설"로 한다.
제40조의2제4항제4호중 "자연생태계보전지역"을 "생태계보전지역· 자연유보지역"으로, "자연환경보전시설"을 "자연환경보전·이용시설"로 한다.
⑪관세청과그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다. 제14조제3항제4호중 "멸종위기에 처한 야생동·식물"을 "국제적멸종위기종"으로, "특정야생동·식물"을 "멸종위기야생동·식물, 보호야생동·식물"로, "자연생태계위해동·식물"을 "생태계위해외래동·식물"로 한다.
제3조 (교육법에 관한 경과조치) 제12조제1항제4호의 개정규정중 "고등교육법"은 1997년 2월 28일까지 이를 "교육법"으로 한다.

부칙 [98·12·31]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [99·3·26]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [99·6·8]
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 8월 9일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2000·7·1]
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 7월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제13조 생략

부칙 [2001.9.29]
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제47조 내지 제50조·제52조 및 제52조의2의 개정규정은 2001년 10월 8일부터 시행하며, 제57조제1항제3호의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2002.12.26.(국토의계획및이용에관한법률시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제15조 생략
제16조 (다른 법령의 개정) 자연환경보전법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제31조제5호를 다음과 같이 한다.
5. 국토의계획및이용에관한법률 제40조의 규정에 의한 수산자원보호구역

부칙 [2002.12.31.]
①(시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 
②(관리지역의 지역계수 적용에 관한 특례) 국토의계획및이용에관한법률 제36조의 규정에 따라 도시관리계획결정으로 관리지역이 계획관리지역·생산관리지역 및 보전관리지역으로 세분하여 지정될 때까지의 그 관리지역의 지역계수는 제48조제2항의 개정규정에 불구하고 당해 관리지역이 종전의 국토이용관리법에 의한 준도시지역인 경우에는 1 또는 0(지적법에 의한 지목이 전·답·임야·염전·하천·유지 및 공원에 해당하는 경우에는 1, 그 밖의 지목인 경우에는 0)을, 준농림지역인 경우에는 2를 적용한다.


부칙 [2003.06.30.(산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략 
제5조(다른 법령의 개정) ① 내지 (24) 생략 
(25)자연환경보전법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제9조제1호중 "공업배치및공장설립에관한법률"을 "산업집적활성화및공장설립에관한법률"로 한다.
(26) 내지 (43) 생략
제6조 생략

부칙 [2004.4.19]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.2.7 대통령령 제18696호(야생동·식물보호법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2005년 2월 10일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) 자연환경보전법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다. 
제2조 내지 제4조, 제6조 및 제10조를 각각 삭제한다.
제11조제1항 전단중 “멸종위기야생동식물 및 보호야생동식물”을 “멸종위기야생동식물”로 한다. 
제12조 내지 제16조, 제19조, 제37조, 제39조 및 제40조를 각각 삭제한다.
제57조제2항제2호 내지 제7호, 제11호 및 제15호를 각각 삭제한다.
제59조 및 제60조를 각각 삭제한다.
별표 1 내지 별표 3 및 별표 5를 각각 삭제한다.
제5조 생략

부칙 [2005.12.30 제19245호]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(자연경관영향의 협의대상 사업에 관한 적용례) 제20조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 「환경정책기본법」 제25조의 규정에 따라 관계 행정기관의 장이 환경부장관 또는 지방환경관서의 장에게 사전환경성검토협의를 요청하는 개발계획 또는 개발사업과 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법」 제6조의 규정에 따라 사업자가 관계 행정기관의 장에게 평가서 초안을 제출하는 개발사업부터 적용한다.
③(다른 법령과의 관계) 이 영 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「자연환경보전법 시행령」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 영 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 영의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2006.6.12 제19513호(고위공무원단 인사규정)]
제1조(시행일) 이 영은 2006년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 내지 <171> 생략
<172>자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조제2항중 “2급 또는 3급 공무원”을 “고위공무원단에 속하는 일반직 공무원”으로 한다.
<173> 내지 <241> 생략

부칙 [2006.8.4 제19639호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2006년 8월 5일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 내지 <24> 생략
<25>자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제4호중 “산림법 제31조”를 “「산림문화·휴양에 관한 법률」 제13조”로 한다.
제16조제1항제1호를 다음과 같이 한다. 
1. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제9조에 따른 임도의 시설, 동법 제36조 제1항·제4항에 따른 입목벌채등의 허가·신고대상 사업
제25조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제47조제1항에 따른 산림유전자원보호림
<26> 내지 <35> 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.4 제19991호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2007년 4월 5일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조 각 호 외의 부분중 “환경부장관 또는 해양수산부장관(해양자연환경에 관한 사항에 한한다. 이하 같다)”을 “환경부장관”으로 한다.
제16조제2항 및 제3항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 각각 “환경부장관”으로 한다.
제17조제6호 단서중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 한다.
제23조제1항제1호중 “바닷가·해양 및 도서”를 “도서”로 하고, 동항제10호중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 하며, 동조제3항 각 호 외의 부분 전단중 “환경부장관·해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 하고, 동조제4항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로, “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로 한다.
제24조제2호중 “호수·강하구·갯벌 또는 해양”을 “호소 또는 강하구”로 한다.
제25조제5호중 “수산자원보호구역”을 “수산자원보호구역(해양에 포함되는 지역은 제외한다)”으로 하고, 동조제6호중 “습지보호지역”을 “습지보호지역(연안습지보호지역을 제외한다)”으로 한다.
제26조 각 호 외의 부분중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 한다.
제27조제1항 및 제2항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 각각 “환경부장관”으로 한다.
제31조제2항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “해양수산부장관”으로 하고, 동조제3항중 “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로, “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로 하며, 동조제4항중 “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로, “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 한다.
제37조제1항제3호중 “습지·갯벌 등”을 “습지 등”으로 한다.
제39조제3항을 삭제한다.
제48조제1항 각 호 외의 부분 및 동조제2항 각 호 외의 부분중 “환경부장관·해양수산부장관”을 각각 “환경부장관”으로 한다.
제49조 각 호 외의 부분중 “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로 한다.
제50조제2항 및 제4항중 “환경부장관·해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 한다.
제52조제3항을 삭제한다.
제53조중 “시·도지사, 지방환경관서장 또는 지방해양수산청장”을 “시·도지사 또는 지방환경관서장”으로, “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로, “환경부장관 또는 해양수산부장관”을 “환경부장관”으로 한다.
제54조제1항중 “환경부장관, 해양수산부장관, 지방자치단체의 장, 지방환경관서의 장 또는 지방해양수산청장”을 “환경부장관, 지방자치단체의 장 또는 지방환경관서의 장”으로 하고, 동조제4항중 “환경부령 또는 해양수산부령”을 “환경부령”으로 한다.
② 생략
제4조 생략

부칙 [2007.8.17 제20222호(문화재보호법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법령의 개정) ① 내지 ⑨ 생략
⑩자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제5호 중 “제6조”를 “제7조”로 하고, “제8조”를 “제9조”로 한다.
⑪ 내지 ⑭ 생략
제9조 생략

부칙 [2007.9.10 제20256호(광업법 시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제3호 중 “제101조의 규정”을 “제85조”로 한다.
⑦ 내지 ⑩ 생략
제3조 생략

부칙 [2007.11.15 제20386호]
제l조(시행일) 이 영은 2007년 11월 18일부터 시행한다.
제2조(생태계보전협력금의 부과·징수에 관한 적용례) 제38조제3항 및 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 부과되는 사업분부터 적용한다.
제3조(노천탐광·채굴사업의 생태계보전협력금 부과대상사업에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 「광업법」 제42조에 따른 채광계획의 인가를 받은 사업 또는 같은 법 제43조에 따른 허가등을 받은 사업은 제36조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙 [2008.2.29, 제20680호(환경부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑨ 까지 생략
⑩ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제47조제16호 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
⑪ 부터 <19> 까지 생략

부칙 [2008.4.3 제20763호(하천법 시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 2008년 4월 7일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑭ 까지 생략
<15> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제5호 중 "「하천법」 제25조제1항 각 호의 어느 하나"를 "「하천법」 제33조제1항 각 호의 어느 하나"로 한다.
<16> 부터 <20> 까지 생략
제4조 생략

부칙 [2008.5.26 제20791호(장사 등에 관한 법률 시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑪ 까지 생략
⑫ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제2호마목 중 “제20호나목의 납골당”을 “제26호나목의 봉안당”으로 한다.
⑬ 부터 <18> 까지 생략

부칙 [2008.10.20 제21087호(행정기관 소속 위원회의 정비를 위한 평생교육법 시행령 등)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 및 제4조 생략

부칙 [2008.10.29 제21098호(건축법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 <20> 까지 생략
<21> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제2호가목 중 "일반목욕장"을 "목욕장"으로 하고, 같은 호 나목 중 "총포판매소"를 "총포판매사"로 하며, 같은 호 다목 중 "동표 제7호 가목"을 "같은 표 제9호가목"으로 하고, 같은 호 라목 중 "동표 제17호 가목 또는 마목"을 "같은 표 제21호가목 또는 마목"으로 한다. 
<22> 부터 <38> 까지 생략 

부칙 [2008.12.24 제21185호(환경영향평가법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2009년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑫ 까지 생략
⑬ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항제3호 중 “「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제4조의 규정”을 “「환경영향평가법」 제4조”로 한다.
⑭ 부터 <22> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2009.4.21 제21445호(보금자리주택건설 등에 관한 특별법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑮ 까지 생략
<16> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제2호가목(5)의 개발사업등의 세부범위란 중 “「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」 제2조제2호의 규정에 따른 국민임대주택단지 조성사업”을 “「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」 제2조제3호가목에 따른 보금자리주택지구조성사업”으로 한다.
<17> 부터 <24> 까지 생략
제3조 생략

부 칙[2009.7.16 제21629호(건축법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑧ 까지 생략
⑨ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제2호라목 중 “버섯재배사”를 “작물 재배사”로 한다.
⑩ 부터 ⑫ 까지 생략

부 칙[2009.7.27 제21641호(국유재산법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2009년 7월 31일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법령의 개정) ① 부터 <41> 까지 생략
<42> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조의 제목, 같은 조 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “관리환”을 각각 “관리전환”으로 한다.
<43> 부터 <65> 까지 생략
제15조 생략

부 칙[2009.11.2 제21807호(궤도운송법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <17> 까지 생략
<18> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2의 제2호사목(3)을 다음과 같이 한다.
(3) 「궤도운송법」 제2조에 따른 궤도의 건설
<19> 부터 <25> 까지 생략
제3조 생략

부 칙[2009.11.20 제21835호(중소기업진흥에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2009년 11월 22일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <42> 까지 생략
<43> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제2호나목의 개발사업등의 세부범위란의 (2) 중 “「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」”을 “「중소기업진흥에 관한 법률」”로 한다.
<44> 부터 <64> 까지 생략
제3조 생략

부 칙[2009.12.14 제21881호(측량·수로조사 및 지적에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ① 부터 <29> 까지 생략
<30> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제2항제1호 중 “「지적법」”을 “「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」”로 한다.
제38조제2항제1호 중 “「지적법」”을 “「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」”로 한다. 
<31> 부터 <36> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.14 제21882호(항만법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ① 부터 <17> 까지 생략
<18> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표2 중 "「항만법」 제2조제6호"를 "「항만법」 제2조제5호"로 한다. 
<19> 부터 <27> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.15 제21887호(농어촌정비법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법령의 개정) ① 부터 <24> 까지 생략
<25> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제2호바목의 개발사업등의 세부범위란의 (2) 중 “「농어촌정비법」 제2조제4호”를 “「농어촌정비법」 제2조제6호”로 하고, 같은 호 아목의 개발사업등의 세부범위란의 (2) 중 “「농어촌정비법」 제2조제3호”를 “「농어촌정비법」 제2조제5호”로 한다.
<26> 부터 <38> 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2010.3.9 제22073호(산림보호법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 3월 10일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「산림보호법」 제7조제1항에 따른 산림보호구역
⑫ 및 ⑬ 생략
제3조 생략

부 칙[2010.10.14 제22449호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 10월 16일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제2호 중 “「공유수면매립법」”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」”로 한다.
별표 2 제2호아목(1) 중 “「공유수면매립법」 제2조제3호의 규정에 따른 매립사업”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 공유수면매립사업”으로 한다.
<19>부터 <31>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.12.28 제22556호(광업법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 28일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제36조 중 “노천탐광”을 각각 “노천탐사”로, “채광계획”을 각각 “채굴계획”으로 한다.
⑤ 및 ⑥ 생략

부 칙[2010.12.29 제22560호(문화재보호법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2011년 2월 5일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제5호 중 “「문화재보호법」 제7조의 규정”을 “「문화재보호법」 제25조”로, “동법 제9조의 규정”을 “같은 법 제27조”로 한다.
제25조제3호 중 “「문화재보호법」 제6조의 규정”을 “「문화재보호법」 제25조”로 한다.
제47조제4호 및 제5호 중 “「문화재보호법」 제6조의 규정”을 각각 “「문화재보호법」 제25조”로 한다.
⑪부터 ⑮까지 생략
제6조 생략

부 칙[2011.3.29 제22736호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과태료에 관한 경과조치) ① 이 영 시행 전의 위반행위에 대하여 과태료의 부과기준을 적용할 때에는 별표 4의 개정규정에도 불구하고 종전의 예에 따른다.
② 이 영 시행 전의 위반행위로 받은 과태료 부과처분은 별표 4의 개정규정에 따른 위반행위의 횟수 산정에 포함한다.

부 칙[2012.1.6 제23488호(민감정보 및 고유식별정보 처리 근거 마련을 위한 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행령 등)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부 칙[2012.1.25 제23529호(국방·군사시설 사업에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 26일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제39조 중 “「국방·군사시설 사업에 관한 법률」 제2조제1항제1호 내지 제6호”를 “「국방·군사시설 사업에 관한 법률」 제2조제1호가목부터 바목까지”로 한다.
⑧부터 ⑭까지 생략
제3조 생략

부 칙[2012.1.26 제23559호]
이 영은 2012년 1월 29일부터 시행한다.

부 칙[2012.7.20 제23966호(환경영향평가법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 7월 22일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 <22>까지 생략
<23> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항제2호 중 “「환경정책기본법」 제25조의 규정에 따른 사전환경성검토협의 대상 행정계획 및 개발사업”을 “「환경영향평가법」 제9조 및 제43조에 따른 전략환경영향평가협의 대상계획 및 소규모 환경영향평가 대상사업”으로 하고, 같은 항 제3호 중 “「환경영향평가법」 제4조”를 “「환경영향평가법」 제22조”로 한다.
<24>부터 <38>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2012.7.20 제23967호(환경정책기본법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 7월 22일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조 중 “「환경정책기본법 시행령」 제4조의8제2항의 규정”을 “「환경정책기본법 시행령」 제12조제2항”으로 한다.
제28조제1항제1호 중 “「환경정책기본법」 제12조·제14조의2 및 제14조의3의 규정”을 “「환경정책기본법」 제14조·제17조 및 제18조”로 한다.
⑬부터 <19>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2012.7.31 제24001호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제27조제1항에 따른 야생생물 특별보호구역 또는 같은 법 제33조제1항에 따른 야생생물 보호구역
⑨ 생략
제3조 생략

부 칙[2012.10.29 제24155호(행정규제 개선 등을 위한 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률 시행령 등)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 11월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략

부 칙[2013.3.23 제24451호(환경부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 자연환경보전법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제47조제16호 중 "국토해양부장관"을 "국토교통부장관"으로 한다.
<17>부터 <23>까지 생략
제4조 생략

부 칙[2013.9.23 제24762호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 
제2조(생태계보전협력금의 부과에 관한 적용례) 제36조제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 사업의 인·허가 등을 받거나 계획을 수립·확정하는 사업(인·허가 등을 받지 아니하는 사업으로 한정한다)부터 적용한다.
제3조(생태계보전협력금 부과·징수비용의 교부 등에 관한 적용례) ① 제43조제1항의 개정규정은 2014년에 교부하는 금액부터 적용한다.
② 제43조제2항의 개정규정은 2014년에 교부받은 금액을 사용하는 것부터 적용한다.


별표1 자연경관영향의 협의대상이 되는 거리(제20조제1항관련) 
별표2 자연경관영향협의를실시하여야하는개발사업등의세부범위[제20조제2항관련] 
별표3 자연환경보전사업대행자의자격요건[제46조제3항관련]